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非靶向代谢组学主要检测样品中代谢物的相对含量，而靶向代谢组学则是对代谢物在样品中的绝对含量进行测定。分析的重点是采用大量天然和生物变异样本, 验证预先确认的代谢物。需要用分析标准品进行定量分析。
靶向代谢组学（ Targeted metabolomics）是代谢组学研究的重要组成部分，也是全代谢组研究的延伸与拓展。相对于全代谢组分析而言，靶向代谢组分析具有特异性强，检测灵敏度高和定量准确等几个特点。 通过对血液、尿液或其他体液以及组织中某一特定的代谢物的富集与准确定量定性分析，一方面可以结合其它实验数据揭示相关的分子生物学作用机制，另一方面，也可以为后续代谢分子标志物的深入研究和开发利用提供有力支持。
靶向代谢组学可以用于：- 验证有非靶向代谢组学实验提出的假说；
- 进行基于假说的探索性实验（通常根据最新的解释），针对特定代谢物，研究代谢模型。
技术流程
技术特点
- 方法特异性
靶向代谢组分析由于是针对特定代谢产物的分析，具有较强的特异性，需要在样品制备与目标代谢物富集、特定分离分析方式选择等方面都进行特殊考虑与设计，才可以得到比较好的靶向代谢物检测效果。此外，基于某一种代谢物建立的定量检测方法只适用于本代谢物或者与本代谢物性质相似的一类代谢物。对于不同性质的代谢物则需要建立不同的样品提取富集与检测方法。
- 定量准确性
定量准确是靶向代谢物分析的另一要求和特点。靶向代谢物的定量是建立在标准品检测的定量标准曲线基础之上的。标准曲线的好坏影响着定量的准确性，所以建立标准曲线时需注意观察加标样品的回收率、精密度、准确度、最低检测限，最低定量限等参数，以使得定量的准确性达到最好。
http://www.abace-biology.com/Targeted-metabolic-profiling.htm