作为我国战略性新兴产业，生物发酵产业也将在十三五 发展过程中面临许多机遇。其主要表现在：第一，国家政策的持续支持，为产业发展创造良好的外部环境;第二，资本市场对生物发酵产业的高度关注，增强了可持续发展的动力;第三，消费市场需求变化给生物发酵产业发展带来生机。
十三五 力求新突破
十三五 中国生物发酵产业的指导思想将以市场需求为导向，以技术和管理创新为动力，以绿色化、个性化、高端化为突破口，进一步调整产业结构，强化并完善产业链条，发展具有核心竞争力的大宗和新兴生物发酵产品;大力发展具有自主知识产权产品，打造世界级知名品牌;推动行业内兼并重组，积极培育抗风险能力强的大型企业集团;加快集聚效应突出的生物发酵产业基地建设;实施走出去战略，全面提升企业和产品的国际竞争能力，努力实现生物发酵产业的中国梦。
到2020年，生物发酵产业力争实现总产量达3800万吨，年均增长率达8%左右，总产值达4500亿元以上;推动企业兼并、重组，实现资源向优势企业集中，形成一批具有国际竞争力的大企业、大集团。到2020年，培育10家以上总资产超过100亿元的骨干企业;研究开发投入占销售收入的比重明显提高，形成一批具有自主知识产权、年销售额超过10亿元的生物技术产品。
到2020年，在现有基础上实现单位产品耗水量降低15%，能耗降低10%，污染物产生量减少15%以上，排放量降低10%以上;制修订各类标准30项，产品标准覆盖率达到60%以上;行业内产品食品安全评估和诚信体系覆盖率达到95%以上。
将展开多项重点工作
为实现上述目标，十三五 中国生物发酵产业还将展开多项重点工作。
首先要增强自主创新能力，推动高新技术改造传统制造技术。研究开发新产品、新技术、新装备，提高产品特殊性能的研究，通过生物转化、生物催化等方法生产高附加值产品，重点开发菌种选育、发酵工艺、分离提取纯化的关键技术和设备。
其次要推动产业转移和企业重组。以市场为导向，引导行业立足资源优势，通过生物发酵原料基地拓展、产业链延伸、价值链延长，促进一、二、三产业融合互动发展，提高产业抗风险能力。
还要推动实施产品应用链体系联动工程，加强产品应用领域深度开发;推进清洁生产，加强产业环保治理。重点研究内容包括：新型发酵资源的开发与高效利用、发酵废弃物高值化综合利用、发酵废水资源化处理、清洁生产技术和节能减排技术在发酵行业绿色生物制造中的综合应用。
另外，还需强化标准和知识产权体系建设，以及通过联合金融资本方和金融服务公司共同构建具有特色的中国发酵行业金融服务平台;构建生物发酵产品物联网服务平台;强化人才交流和培训工作;加强宣传和引导，增加社会认知度。
最后还要鼓励有比较优势的生物发酵企业到境外投资，合作开发利用资源，开展加工贸易，不失时机地扩大经济技术合作领域、途径和方式，在更大范围内和更高层次上参与国际经济合作和竞争。
