中华人民共和国
天津市高级人民法院
民 事 判 决 书
（2012）津高民三终字第41号
上诉人（原审被告）：山东隆大生物工程有限公司
法定代表人：刘顺启，董事长。
委托代理人：李中奎，该公司技术顾问。
委托代理人：宁光，北京市天驰律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：诺维信公司
法定代表人：米凯尔·维尔托夫特，首席律师。
委托代理人：俞建扬，北京市柳沈律师事务所律师。
委托代理人：封新琴，北京市柳沈律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）：诺维信（中国）生物技术有限公司
法定代表人：佩德·H·尼尔森，执行副总裁。
委托代理人：李士弟，天津金诺律师事务所律师。
委托代理人：张平元，北京市柳沈律师事务所律师。
原审被告：天津市众鑫发达商贸有限公司
法定代表人：刘文玲，执行董事。
委托代理人：赵翔，北京市中兆律师事务所律师。
上诉人山东隆大生物工程有限公司（以下简称山东隆大公司）因与被上诉人诺维信公司、诺维信（中国）生物技术有限公司（以下简称诺维信中国公司）、原审被告天津市众鑫发达商贸有限公司（以下简称众鑫发达公司）侵害发明专利权纠纷一案，不服中华人民共和国天津市第二中级人民法院（2011）二中民三知初字第81号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，公开开庭审理了本案。上诉人山东隆大公司的委托代理人李中奎、宁光，被上诉人诺维信公司的委托代理人俞建扬、封新琴以及诺维信中国公司的委托代理人李士弟、张平元，原审被告众鑫发达公司的委托代理人赵翔到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审法院查明，1998年11月26日，诺维信公司向中华人民共和国国家知识产权局申请名称为“热稳定的葡糖淀粉酶”的发明专利。2006年6月28日该申请获授权并公告，专利号为：ZL98813338.5，最早的优先权日为1997年11月26日。2011年4月12日，诺维信公司将该专利许可给诺维信中国公司使用，许可方式为排他许可，期限至2018年4月11日，许可费为净销售额的25％。后双方对该专利实施许可在国家知识产权局进行了备案。
本案专利权利要求书记载28项权利要求，诺维信公司和诺维信中国公司主张以权利要求1－6、8－10、12－28确定本案专利的保护范围。在原审诉讼过程中，山东隆大公司于2011年7月1日向国家知识产权局专利复审委员会申请本案专利无效，主要理由为三点：1.权利要求8、9和21保护范围不清楚，不符合专利法第二十六条第四款“权利要求书应当以说明书为依据，清楚，简要地限定要求专利保护的范围。”；2.权利要求的有关技术方案公开不充分，权利要求1－28得不到说明书的支持；3.权利要求1－28均不符合专利法第二十二条第三款关于创造性的规定。诺维信公司针对无效宣告请求答辩的同时申请修改权利要求书，修改的权利要求变更为29项。在原审诉讼中，山东隆大公司申请本案中止诉讼，原审法院未予准许。2012年2月9日，国家知识产权局专利复审委员会作出《无效宣告审查决定》认为，诺维信公司的权利要求修改符合《审查指南》的相关规定，因此无效宣告请求审查决定所依据的文本为诺维信公司新提交的权利要求1－29项和专利授权公告的说明书、说明书附图和说明书摘要。在此基础上，宣告权利要求1－9、12，权利要求13和14中引用12（d）、（e）、（f）的技术方案，权利要求15－25、27－29中引用权利要求1－9、12的技术方案，以及权利要求15－25、27－29中引用权利要求13和14，并由此间接引用权利要求12（d）、（e）、（f）的技术方案不符合专利法第二十六条第四款和专利法实施细则第二十条第一款“权利要求应当说明发明或者实用新型的技术特征，清楚、简要地表述请求保护的范围。”的规定，因此无效；权利要求10、11和26、权利要求13和14引用权利要求12（a）、（b）的技术方案、权利要求15－25、27－29中引用权利要求10、11的技术方案，以及权利要求15－25、27－29中引用权利要求13和14，并由此间接引用权利要求12（a）、（b）的技术方案的基础上继续维持该专利有效。专利复审委员会在《无效宣告请求审查决定》第17页认定本案专利修改后的权利要求10、11的技术方案符合专利法第二十六条第四款的规定时，作出如下论述：从属权利要求10进一步限定所述的酶分离自T.emersonii菌株，权利要求11限定酶分离自T.emersonii CBS793.97，T.emersonii菌株与T.emersonii CBS793.97属于同一种的菌株，而本领域通常认为同一个体中，某种具体功能的活性基因在基因组层次上一般仅具有一种序列，或者其所具有的同源性极高的变体序列也会具有所述功能，但如果物种来源在进化地位上差异比较大时，很可能也会有即使同源性高的序列，也不具有所述功能的情况存在，因此在说明书已经证实了来源于T.emersonii CBS793.97的酶具有葡糖淀粉酶活性的基础上，本领域技术人员可以预计来源于T.emersonii菌株，且与SEQ ID NO：7全长序列具有至少99％同源的多肽也具有葡糖淀粉酶的活性。
诺维信公司和山东隆大公司均不服该决定，分别向北京市第一中级人民法院提起行政诉讼。山东隆大公司再次申请本案中止诉讼，诺维信公司和诺维信中国公司为此放弃已被国家知识产权局专利复审委员会宣告无效的权利要求，变更在本案中要求保护的专利权利要求为：⑴（修改前的权利要求7、8，修改后的权利要求10）一种具有葡糖淀粉酶活性的与SEQ ID NO：7中所示全长序列之间同源的程度至少为99％，并且具有由等电聚焦测定的低于3.5的等电点的分离的酶，所述的酶来源于丝状真菌Talaromyces属，其中丝状真菌是T.emersonii菌株。⑵（修改前的权利要求9，修改后的权利要求11）⑴的酶，其中丝状真菌是T.emersonii CBS793.97。⑶（修改前的权利要求11、12，修改后的权利要求13）一种克隆的DNA序列，所述DNA序列编码表现出葡糖淀粉酶活性的酶，该DNA序列包括:（a）在SEQ ID NO:33中所示DNA序列的所述葡糖淀粉酶编码部分；（b）在SEQ ID NO:33中第649－2724位中所示的DNA序列或其互补链。其中所述的DNA序列来源于丝状真菌Talaromyces属，其中丝状真菌是T.emersonii菌株。⑷（修改前的权利要求13，修改后的权利要求14）⑶的DNA序列，其中所述丝状真菌是T.emersonii CBS793.97。⑸（修改前的权利要求14，修改后的权利要求15）一种用于将淀粉或部分水解的淀粉转化为含有葡萄糖的糖浆的方法，所说的方法包括⑴的葡糖淀粉酶或者由⑶的DNA序列编码的葡糖淀粉酶存在下糖化淀粉水解产物的步骤。⑹（修改前的权利要求17，修改后的权利要求18）一种糖化液化淀粉溶液的方法，所述的方法包括使用⑴的葡糖淀粉酶或者由⑶的DNA序列编码的葡糖淀粉酶的酶促糖化步骤。⑺（修改前的权利要求18，修改后的权利要求19）根据⑴的葡糖淀粉酶或者由⑶的DNA序列编码的葡糖淀粉酶在淀粉转化过程中的用途。⑻（修改前的权利要求22，修改后的权利要求23）根据⑴的葡糖淀粉酶或者由⑶的DNA序列编码的葡糖淀粉酶在用于生产乙醇的方法中的用途。⑼（修改前的权利要求24，修改后的权利要求25）根据⑴的葡糖淀粉酶或者由⑶的DNA序列编码的葡糖淀粉酶在用于生产柠檬酸、抗坏血酸、赖氨酸、谷氨酸的发酵方法中的用途。⑽（修改前的权利要求26，修改后的权利要求27）一种生产⑴的具有葡糖淀粉酶活性的酶的方法，所述的方法包括（a）在适用于所述葡糖淀粉酶生产的条件下，培养包括DNA构建体的黑色曲霉或米曲霉的宿主细胞，所述构建体包括⑶的DNA序列；以及（b）回收所述的葡糖淀粉酶。⑾（修改前的权利要求27，修改后的权利要求28）根据⑽的方法，其中所述具有葡糖淀粉酶活性的酶来源于Talaromyces emersonii。
本案专利说明书记载，本发明涉及一种适合于例如淀粉转化（例如由淀粉生产葡萄糖）的热稳定的葡糖淀粉酶。本发明还涉及所说的热稳定葡糖淀粉酶在各种方法中的用途，尤其是在淀粉传统方法中的糖化步骤中的用途。发明背景：葡糖淀粉酶（1，4-α-D-葡聚糖葡糖水解酶，EC 3.2.1.3）是催化由淀粉或有关寡糖和多糖分子的非还原端释放出D-葡萄糖的酶。葡糖淀粉酶是由包括黑色曲霉和泡盛曲霉在内的几种丝状真菌和酵母生产的。在商业上，将葡糖淀粉酶用于转化已由α-淀粉酶部分水解为葡萄糖的玉米淀粉。通过葡糖异构酶可以将葡萄糖进一步转化成几乎由等量的葡萄糖和果糖组成的混合物。这种混合物、或者进一步富集了果糖的混合物是在全世界商品化的通常使用的高果糖玉米糖浆。这种糖浆是世界上由酶促方法生产的最大吨位的产品。参与淀粉转化为果糖的三种酶属于所生产的最重要的工业酶之列。就葡糖淀粉酶的商业用途而言，在高果糖玉米糖浆的生产中存在的主要问题之一为葡糖淀粉酶的热稳定性相当差，比如可以通过商业途径得到的黑色曲霉的葡糖淀粉酶（即由Novo Nordisk A/S 销售的AMG）。商用的曲霉素葡糖淀粉不如α-淀粉酶或葡糖异构酶那样具有热稳定性，并且在较低的PH值下它比α-淀粉酶或葡糖异构酶的活性更大和更稳定。因此，必须在更低的温度和PH下在独立的容器中使用它。美国专利4,247,637描述了一种分子量约为31000 Da的热稳定葡糖淀粉酶，它来源于Talaromyces duponti并适合于将液化的淀粉溶液糖化为糖浆。当在70℃、PH4.5下保持10分钟时，指出该葡糖淀粉酶保留了其最初葡糖淀粉酶活性的至少约90%。美国专利4,587,215公开了一种来源于嗜热踝节菌的种的分子量约为45000 Da的热稳定淀粉葡糖苷酶。这种公开的淀粉葡糖苷酶（或葡糖淀粉酶）在两个不同的阶段丧失了其酶活性，即迅速衰减的最初阶段、接下来是缓慢衰减的阶段。在70℃（PH=5.0）下，迅速衰减的半衰期约为18分钟，而在衰减的第二阶段在1小时内没有测量到活性的丧失。Bunni L等人（1989）《酶微生物学技术》第11卷第370-375页涉及由Talaromyces emersonii CBS814.70生产的至少一种形式的α-淀粉酶和一种形式的α-葡糖苷酶组成的胞外淀粉分解系统的生产、分离和部分鉴定。只分离、纯化和鉴定了α-淀粉酶。本发明基于发现了一种适用于例如淀粉转化过程中的糖化步骤的新的热稳定葡糖淀粉酶。术语“葡糖淀粉酶”和“AMG”在以下是可互换使用的。采用以下“材料与方法”部分中所述的方法，以T1/2(半衰期)测量本发明葡糖淀粉酶的热稳定性。本发明的发明人已经从Talaromyces emersonii的一个菌株中分离、纯化并鉴定了一种热稳定葡糖淀粉酶，该菌株目前以编号CBS 793.97保藏在真菌菌种保藏中心。当应用于蛋白质时，术语“分离的”是指在并非其天然环境的条件下发现蛋白质。在一个优选的形式中，分离的蛋白质基本上不含其它的蛋白质，特别是不含其它同源蛋白质（即“同源杂质”）。优选提供呈大于40%纯度形式的蛋白质，更优选呈大于60%纯度形式的蛋白质。甚至更优选的是优选提供呈高度纯化形式的蛋白质，即纯度大于80%、更优选纯度大于95%并且甚至更优选纯度大于99%，其中纯度是由SDS-PAGE测定的。另外，术语“分离的酶”也可以称作“纯化的酶”。术语“同源杂质”意指起源于同源细胞的任何杂质（例如，不是本发明多肽的另一种多肽），其中本发明的多肽最初是从所述同源细胞中获得的。与诸如黑色曲霉葡糖淀粉酶（可以从Novo Nordisk A/S以商品名AMG购得）之类的现有技术中的葡糖淀粉酶相比，分离的葡糖淀粉酶具有非常高的热稳定性。正如以下实施例12中所述的那样，测定在酵母中表达的重组T.emersonii AMG的T1/2约为110分钟。因此，在第一方面，本发明涉及一种具有葡糖淀粉酶活性的分离的酶，该酶在50 Mm NaOAc, 0.2 AGU/ml,Ph4.5, 70℃下具有至少100分钟的T1/2(半衰期)。在第二方面，本发明涉及一种具有葡糖淀粉酶活性的包括SEQ ID Nos.1-6所示的一个或多个部分序列的酶，或SEQ ID NO:7中所示全长的酶，或者一种具有葡糖淀粉酶活性的与其基本同源的酶。术语“部分序列”是指在较长的多肽序列中包含的部分多肽序列，其中所说的较长的多肽序列具有感兴趣的活性。本发明还涉及编码本发明葡糖淀粉酶的克隆的DNA序列。而且，本发明还涉及一种转化淀粉或者部分水解淀粉成含有例如葡萄糖的糖浆的方法，所说的方法包括在本发明葡糖淀粉酶存在下糖化淀粉水解产物的步骤。本发明的一个目的在于提供一种使液化淀粉溶液糖化的方法，其中酶促糖化作用是采用本发明的葡糖淀粉酶来实现的。此外，本发明涉及本发明的葡糖淀粉酶在淀粉转化过程，如在连续淀粉转化过程中的用途。在连续淀粉转化过程的一个实施方案中，它包括连续的糖化步骤。本发明的葡糖淀粉酶也可以用于生产寡糖或特制糖浆的方法中。最后，本发明涉及微生物Talaromyces emersonii CBS 793.97或其能够生产本发明葡糖淀粉酶的突变体的分离的纯培养物。
专利说明书第8页“淀粉的转化”项下记载，本发明提供了一种采用本发明的热稳定葡糖淀粉酶由淀粉生产葡萄糖等的方法。一般来说，该方法包括以下步骤：在α—淀粉酶存在下部分水解前体淀粉，然后在葡糖淀粉酶的存在下通过断裂开α—（1→4）和α—（1→6）糖苷键进一步由淀粉或有关寡糖和多糖分子的非还原端水解释放出D－葡萄糖。利用α—淀粉酶部分水解前体淀粉通过水解内部α—（1→4）键提供了对淀粉分子的初步破坏。在商业应用中，在大约105℃温度下进行采用α—淀粉酶的初步水解。加工浓度非常高的淀粉，通常为30％至40％的固体。在这一升高的温度下，通常初步水解5分钟。然后，可以把部分水解的淀粉转移到第二个罐中，并且在85℃至90℃的温度下培养约1小时，以便产生10至15当量的葡萄糖（D.E）。一般在独立的罐中在介于30℃与60℃之间降低的温度下进行在葡糖淀粉酶存在下由淀粉或有关寡糖和多糖分子的非还原端进一步水解释放D－葡萄糖的步骤。优选地，将底物液体的温度降至55℃与60℃之间。把溶液的PH值由6至6.5降低到3与3.5之间。优选地，溶液的PH为4至4.5，将葡糖淀粉酶加入溶液中并且反应24－72小时、优选36－48小时。通过使用本发明的热稳定葡糖淀粉酶，可以在比传统分批糖化步骤更高的温度下进行糖化步骤。根据本发明，可以在60℃－80℃以上的温度范围内进行糖化，其中优选63－75℃。这既适用于传统的分批过程（上述），又适用于连续的糖化过程。实际上，必须在60℃以上的温度进行包括一个或多个膜分离步骤（即过滤步骤）的连续糖化过程，以便能够维持相当高的垮膜通量。因此，本发明的热稳定葡糖淀粉酶在工业糖化过程可接受的时间段内以合理的价格提供了进行大规模连续糖化过程的可能性。根据本发明，甚至可以缩短糖化时间。通常，本发明葡糖淀粉酶的活性在60℃－80℃的温度下基本上要高于在传统采用的30℃－60℃温度下的酶活性。因此，通过升高葡糖淀粉酶工作的温度，可以在较短的时间段内完成糖化过程，或者可以采用剂量更少的酶来完成该过程。由于例如与可以通过商业途径得到的黑色曲霉葡糖淀粉酶（即AMG）相比，本发明葡糖淀粉酶的热稳定性是非常高的，因此在糖化过程中需要加入更少量的葡糖淀粉酶以替换掉正被灭活的葡糖淀粉酶。根据本发明，在糖化过程中更多的葡糖淀粉酶保持为有活性的。此外，当在63℃以上的温度进行糖化过程时，也减少了微生物污染的危险。通过使用比活性（以针对麦芽糖的活性进行测量）增加了的葡糖淀粉酶，在糖化过程中可能需要更少剂量的酶。其中可以有利地使用本发明葡糖淀粉酶的糖化过程的例子，包括JP3-224493；JP-191693；JP62-272987；和EP452238中所述的过程。另一方面，本发明涉及一种糖化液化淀粉溶液的方法，该方法包括采用本发明葡糖淀粉酶的酶促糖化步骤。在本发明的方法中，可以与仅仅水解含有至少4个葡糖残基的分子中α—（1→6）糖苷键的酶结合使用本发明的葡糖淀粉酶。优选地，与支链淀粉酶或异淀粉酶结合使用本发明的葡糖淀粉酶。在G.M.A.van Beynum等人的《淀粉转化技术》（Marcel Dekker，纽约，1985，101-142）中列举了用于脱支的异淀粉酶和支链淀粉酶的用途，所述酶的分子性质以及结合葡糖淀粉酶的所述酶潜在的用途。另一方面，本发明涉及本发明的葡糖淀粉酶在淀粉转化过程中的用途。此外，可以在包括连续糖化步骤在内的连续淀粉转化过程中使用本发明的葡糖淀粉酶。也可以以固定化的形式使用本发明的葡糖淀粉酶。这适合于并且经常用于生产特制糖浆（如麦芽糖糖浆），并且进一步与果糖糖浆的生产相结合用来产生寡糖的残液流。也可以在生产用于燃料或饮料的乙醇的方法中使用本发明的葡糖淀粉酶，或者可以在用于生产有机化合物（诸如柠檬酸、抗坏血酸、赖氨酸、谷氨酸）的发酵方法中使用所述的酶。
专利说明书第30－31页记载了SEQ ID NO:7的信息，序列特征：长度为591个氨基酸；类型为氨基酸；链形为单链；拓扑结构为线形；分子类型：蛋白质；最初来源：菌株为Talaromyces emersonii CBS 793.97；序列描述：Ala Thr Gly Ser Leu Asp Ser Phe Leu Ala Thr Glu Thr Pro Ile Ala Leu Gln Gly Val Leu Asn Asn Ile Gly Pro Asn Gly Ala Asp Val Ala Gly Ala Ser Ala Gly Ile Val Val Ala Ser Pro Asn Gly Ala Asp Pro Asn Tyr Phe Tyr Ser Trp Thr Arg Asp Ala Ala Ler Thr Ala Lys Tyr Ler Val Asp Ala Phe Asn Arg Gly Asn Lys Asp Leu Glu Gln Thr Ile Gln Gln Tyr Rle Ser Ala Gln Ala Lys Val Gln Thr Ile Ser Asn Pro Ser Gly Asp Leu Ser Thr Gly Gly Leu Gly Glu Pro Lys Phe Asn Val Asn Glu Thr Ala Phe Thr Gly Pro Trp Gly Arg Pro Gln Arg Asp Gly Pro Ala Leu Arg Ala Thr Ala Leu Ile Ala Tyr Ala Asn Tyr Leu Ile Asp Asn Gly Glu Ala Ser Thr Ala Asp Glu Ile Ile Trp Pro Ile Val Gln Asn Asp Leu Ser Tyr Ile Thr Gln Tyr Trp Asn Ser Ser Thr Phe Asp Leu Trp Glu Glu Val Glu Gly Ser Ser Phe Phe Thr Thr Ala Val Gln His Arg Ala Leu Val Glu Gly Asn Ala Leu Ala Thr Arg Leu Asn His Thr Cys Ser Asn Cys Val Ser Gln Ala Pro Gln Val Leu Cys Phe Leu Gln Ser Thr Trp Thr Gly Ser Tyr Val Leu Ala Asn Phe Gly Gly Ser Gly Arg Ser Gly Lys Asp Val Asn Ser Ile Leu Gly Ser Ile His Thr phe asp pro ala gly gly cys asp asp ser thr phe gln pro cys Ser Ala Arh Ala Leu Ala Asn His Lys Val Val Thr Asp Ser Phe Arg Ser ile tyr ala ile asn ser gly ile ala glu gly ser ala val ala Val gly arg tyr pro glu asp val tyr gln gly gly asn pro trp tyr Leu ala thr ala ala ala ala glu gln leu tyr asp ala ile tyr gln Trp lys lys ile gly ser ile ser ile thr asp val ser leu pro phe Phe gln asp ile tyr pro ser ala ala val gly thr tyr asn ser gly Ser thr thr phe asn asp ile ile ser ala val gln thr tyr gly asp Gly tyr leu ser ile val glu lys tyr thr pro ser asp gly ser leu Thr glu gln phe ser arg thr asp gly thr pro leu ser ala ser ala Leu thr trp ser tyr ala ser leu leu thr ala ser ala arg arg gln Ser val val pro ala ser trp gly glu ser ser ala ser ser val leu Ala val cys ser ala thr ser ala thr gly pro tyr ser thr ala thr Asn thr val trp pro ser ser gly ser gly ser ser thr thr thr ser Ser ala pro cys thr thr pro thr ser val ala val thr phe asp glu Ile val ser thr ser tyr gly glu thr ile tyr leu ala gly ser ile Pro glu leu gly asn trp ser thr ala ser ala ile pro leu arg alo Asp ala tyr thr asn ser asn pro leu trp tyr val thr val asn leu Pro pro gly thr ser phe glu tyr lys phe phe lys asn gln thr asp Gly thr ile val trp glu asp asp pro asn arg ser tyr thr val pro Ala tyr cys gly gln thr thr ala ile leu asp asp ser trp gln。
专利说明书第47页记载了SEQ ID NO:33的信息，序列特征：长度为2748个碱基对；类型为核酸；链形为单链；拓扑结构为线形；分子类型为其它核酸；最初来源：菌株为Talaromyces emersonii ；序列描述：acgagatgtg tatatactgt gaaccaaact agatgatgtc agttatgctg gtctgagaac tcatagaagc ccttgaaaat accccaagct agcactccaa ccctaactct gttgctctac tagatcaaga cgagtactct gattgagctg caggcttgga atatatgatt agcagaaaaa gggttaaaac ttgtatgaca atcagtttgt cagtactccg tagtgatgcc atgtctatag agtcgacact aaggcagcat gtgaatgagtcggaaatgac aggaagcaga ttccttaaca gtcatgttcc ccgtgcctgc atccccacgt cacctgcaaa gatgcgacgc tactccacac cggcgccttg atgtctgctg ttcctggcct agtggagccc catgcgctgc tagctcgtgg tcttcgaata aaccagaata aaaaacggag taattaattg cgcccgcaac aaactaagca atgtaactca atgccaagct tccgctgatg ctcttgacat ctccgtagtg gcttctttcg taatttcaga cgtatatata gtagtaatgc ccagcaggcc gggataatga tggggatttc tgaactctca gcttccgtac gctgaacagt ttgcttgcgt tgtcaacc[at ggcgtccctc gttgctggcg ctctctgcat cctgggcctg acgcctgctg catttgcacg agcgcccgtt gcagcgc(gag ccaccggttc cctggactcc tttctcgcaa ccgaaactcc aattgccctc caaggcgtgc tgaacaacat cgggcccaat ggtgctgatg tggcaggagc aagcgccggc attgtggttg ccagtccgag caggagcgac ccaaattgta ggttctttcc caccagaaat tacttattta aaccagccct ctgacaggtt gaagatttct actcctggac acgtgacgca gcgctcacgg ccaaatacct cgtcgacgcc ttcatcgcgg gcaacaagga cctagagcag accatccagc agtacatcag cgcgcaggcg aaggtgcaaa ctatctccaa tccgtccgga gatttatcca ccggtggctt aggtgagccc aagttcaatg tgaatgagac ggcttttaccgggccctggg gtcgtccaca gagggacgga ccagcgttga gagcgacggc cctcattgcg tatgcgaact atctcatcgt aagcttctgc tcgctgccct tctctctgct cgtatgctaa gtagtcctgt caggacaacg gcgaggcttc gactgccgat gagatcatct ggccgattgt ccagaatgat ctgtcctaca tcacccaata ctggaactca tccaccttcg gtaggcaaat gaatattccc gacacagcgt ggtactaatt tgattcagac ctctgggaag aagtagaagg atcctcattc ttcacaaccg ccgtgcaaca ccgcgccctg gtcgaaggca atgcactggc aacaaggctg aaccacacgt gctccaactg cgtctctcag gcccctcagg tcctgtgttt cctgcagtca tactggaccg gatcgtatgt tctggccaac tttggtggca gcggtcgttc cggcaaggac gtgaattcga ttctgggcag catccacacc tttgatcccg ccggaggctg tgacgactcg accttccagc cgtgttcggc ccgtgccttg gcaaatcaca aggtggtcac cgactcgttc cggagtatct atgcgatcaa ctcaggcatc gcagagggat ctgccgtggc agtcggccgc taccctgagg atgtctacca gggcgggaac ccctggtacc tggccacagc agcggctgca gagcagcttt acgacgccat ctaccagtgg aagaagatcg gctcgataag tatcacggac gttagtctgc catttttcca ggatatctac ccttctgccg cggtgggcac ctataactct ggctccacga ctttcaacga catcatctcg gccgtccaga cgtatggtga tggatatctg agtattgtcg tacgttttgc cttagattct caggtgtaaa gaaaaaaatg gaactaactc agttctagga gaaatatact ccctcagacg gctctcttac cgaacaattc tcccgtacag acggcactcc gctttctgcc tctgccctga cttggtcgta cgcttctctc ctaaccgctt cggcccgcag acagtccgtc gtccctgctt cctggggcga aagctccgca agcagcgtcc ctgccgtctg ctctgccacc tctgccacgg gcccatacag cacggctacc aacaccgtct ggccaagctc tggctctggc agctcaacaa ccaccagtag cgccccatgc accactccta cctctgtggc tgtgaccttc gacgaaatcg tcagcaccag ttacggggag acaatctacc tggccggctc gatccccgag ctgggcaact ggtccacggc cagcgcgatc cccctccgcg cggatgctta caccaacagc aacccgctct ggtacgtgac cgtcaatctg ccccctggca ccagcttcga gtacaagttc ttcaagaacc agacggacgg gaccatcgtc tgggaagacg acccgaaccg gtcgtacacg gtcccagcgt actgtgggca gactaccgcc attcttgacg atagttggca gtga)]gataac atccaccctt ctgtttta。
2011年3月10日，北京市柳沈律师事务所的代理人闫猛向北京市中信公证处申请保全证据公证，当日，通过公证处的办公电脑网络搜索“山东隆大生物工程有限公司”，进入该公司网站，浏览相关网页并打印后出具公证书。山东隆大公司网站记载，该公司创建于1976年，是一个酶制剂专业生产厂家，……，年产酶制剂系列产品2万吨，生产规模居全国民族酶工业第一位。……。公司产品主要有葡萄糖淀粉酶、中温α—淀粉酶、真菌α—淀粉酶、酸性木糖醇酶等。公司产品广泛应用于酒精、白酒、啤酒、柠檬酸、淀粉糖、制药、皮革、石油、饲料、纺织等行业，并出口美国、俄罗斯、欧洲、东南亚等国家和地区，国内市场占有率达15％以上，深受用户的喜爱。产品推荐展示中介绍了葡萄糖淀粉酶，葡萄糖淀粉酶是黑曲霉优良菌种（Aqspergillusiger）经深层发酵精制提炼而成，广泛应用于酒精、白酒、啤酒、酿造、味精、淀粉糖、抗菌素等工业。葡萄糖淀粉酶又称糖化酶，它能把淀粉从非还原性末端水解α—1.4葡萄糖甙键产生葡萄糖，也能缓慢水解α—1.6甙键转化葡萄糖。应用方法：1、酒精工业：原料经蒸煮冷却到60℃时，加糖化酶，……。2、淀粉糖工业：原料经液化后，调PH值到4.2-4.5，冷却到60℃，加淀粉酶，……。3、啤酒工业：生产“干啤酒”时，在糖化或发酵前加入糖化酶，可以提高发酵度。4、酿造工业：在白酒、黄酒、曲酒等酒类生产中，以酶代曲，可以提高出酒率，并应用于食醋工业。5、其它工业：在味精、抗菌素、柠檬酸等其他工业应用时，淀粉液化冷却到60℃，调PH值4.5左右，加糖化酶，……。至2012年8月1日，山东隆大公司的网站仍刊载上述内容。同时，上述内容在山东隆大公司的产品宣传册上进行了相同记载。
2011年3月11日，诺维信中国公司向天津市泰达公证处申请证据保全，该公司的代理人在公证处的监督下在天津市开发区泰好商贸有限公司购买了1箱“100mlPET透明药用塑料瓶”及6个“1000ml塑料量杯”。当日向众鑫发达公司购买了山东隆大公司生产的“隆大牌糖化酶（黑曲霉）”（产品型号100000u/ml，净含量28kg/桶和产品型号200000u/ml，净含量28kg/桶）各36桶，价款分别为9072元、15120元，共计24192元。两种规格产品标签均注明隆大牌食品添加剂 糖化酶，标注产品名称为糖化酶（黑曲霉），产品类型为液体酶；使用范围和最大使用量：淀粉糖、酿造、果汁加工，按生产需要适量使用；使用方法：按生产需要确定的加酶量，直接将酶加入到已调好的作用底物溶液中，并搅匀，最适作用PH4.5-5.0，最适作用温度58-60℃，反应一段时间后，终止反应；储存方法：本品属生物活性物质，避免阳光直射，保存在干燥通风处。后诺维信中国公司的代理人在两种规格的产品中各取4桶，各3桶由公证处加贴封条，余下各1桶分别取样10个分装入前述公证购买的透明药用塑料瓶，并编号LDA4-01至10、LDB4－01至10，由公证处加贴封条后自行保管。此后，诺维信公司和诺维信中国公司通过自检、自行委托北京蛋白质组研究中心、中国科学院微生物研究所等检测单位检测上述编号产品的蛋白质序列、DNA序列、比活性、等电点等指标均与本案专利权利要求的相应技术特征相同。诺维信公司和诺维信中国公司认为山东隆大公司制造、销售的糖化酶产品落入了本案发明专利权的保护范围，向原审法院提起诉讼。诉讼中，诺维信公司和诺维信中国公司提交了经公证认证的来源于丹麦技术研究所的检测报告。该报告的形成是由荷兰真菌菌种保藏中心的代表将6个Talaromyces emersonii CBS793.97的密封样品在公证人员面前通过联邦快递邮寄给丹麦技术研究所Hans Christian Beck博士，在丹麦公证人的公证、有关律师和Hans Christian Beck博士在场的情况下打开联邦快递的包裹取出上述6个样品并拍摄整个过程。后该博士在公证员的监督下进行检测，检测出Talaromyces emersonii CBS793.97的DNA序列（编码618个氨基酸）和成熟蛋白质序列（591个氨基酸）。后诺维信中国公司委托丹麦技术研究所将Talaromyces emersonii CBS793.97菌种送到中国科学院微生物研究所进行检测，检测该菌种基因序列全长为2097个碱基，共编码了618个氨基酸，其中理论成熟肽长度为591个氨基酸。上述检测的氨基酸序列与本案专利的SEQ ID NO:7的信息完全相同，DNA序列与SEQ ID NO:33序列信息完全相同。
案件审理过程中，双方当事人经协商，于2011年12月2日共同选择北京紫图知识产权司法鉴定中心对山东隆大公司的糖化酶产品是否落入专利权利要求（修改前）1-6、8－10、12、13、25、26的保护范围进行司法鉴定。该鉴定中心委托北京华大方瑞司法物证鉴定中心、北京市理化分析测试中心和北京蛋白质组研究中心对100000u/ml和200000u/ml两种规格的被诉侵权隆大牌糖化酶产品的蛋白质序列、等电点、DNA序列进行检测。两种规格被诉侵权产品的蛋白质序列均由以下591个氨基酸残基组成，即：
ATGSLDSFLATETPIALQGVLNNIGPNGADVAGASAGIVVASPSRSDPNYFYSWTRDAALTAKYLVDAFIAGNKDLEQTIQQYISAQAKVQTISNPSGDLSTGGLGEPKFNVNETAFTGPWGRPQRDGPALRATALIAYANYLIDNGEASTADEIIWPIVQNDLSYITQYWNSSTFDLWEEVEGSSFFTTAVQHRALVEGNALATRLNHTCSNCVSQAPQVLCFLQSYWTGSYVLANFGGSGRSGKDVNSILGSIHTFDPAGGCDDSTFQPCSARALANHKVVTDSFRSIYAINSGIAEGSAVAVGRYPEDVYQGGNPWYLATAAAAEQLYDAIYQWKKIGSISITDVSLPFFQDIYPSAAVGTYNSGSTTFNDIISAVQTYGDGYLSIVEKYTPSDGSLTEQFSRTDGTPLSASALTWSYASLLTASARRQSVVPASWGESSASSVPAVCSATSATGPYSTATNTVWPSSGSGSSTTTSSAPCTTPTSVAVTFDEIVSTSYGETIYLAGSIPELGNWSTASAIPLRADAYTNSNPLWYVTVNLPPGTSFEYKFFKNQTDGTIVWEDDPNRSYTVPAYCGQTTAILDDSWQ；两种被诉侵权产品的等电点分别为2.9和3.11；两种规格的被诉侵权产品的DNA序列全长无法检出。鉴定机构经委托国家知识产权局专利检索咨询中心检索，具有上述蛋白质序列的葡萄糖淀粉酶序列来源于Talaromyces emersonii菌株。鉴定机构根据检测和检索结果作出鉴定结论：两种规格的被诉侵权产品与本案专利权利要求1、2、5、6、8相比，所有技术特征均相同；因为无法或未能从被诉侵权产品中获知与本案权利要求4、9、10、12、13、25、26相应的技术特征，因此无法进行比对。100000u/ml的被诉侵权产品与专利权利要求3的技术方案相比，技术特征相同；200000u/ml的被诉侵权产品与专利权利要求3具有等同特征。对于上述检测鉴定，诺维信公司和诺维信中国公司支付了检测费227433元、鉴定费300000元。经查，上述鉴定机构委托北京蛋白质组中心检测被诉侵权产品的DNA序列过程中，检测出100000u/ml被诉侵权产品的DNA序列片断两组，第一组与本案专利说明书记载的SEQ ID NO:33序列信息中672位至1618位碱基相同，第二组与SEQ ID NO:33序列信息中第1897位至2718位基本相同，其中存在两个碱基的差异；检测出200000u/ml被控侵权产品的DNA序列片断一组，与SEQ ID NO:33序列信息中第1878位至2714位基本相同，亦存在上述两个相同位置碱基的差异。
诺维信公司和诺维信中国公司自行委托北京蛋白质组中心、中国科学院微生物研究所检测的两种被诉侵权产品的蛋白质序列与北京紫图知识产权司法鉴定中心委托检测的被诉侵权产品的蛋白质序列相同；DNA序列为：at ggcgtccctc gttgctggcg ctctctgcat cctgggcctg acgcctgctg catttgcacg agcgcccgtt gcagcgc(gag ccaccggttc cctggactcc tttctcgcaa ccgaaactcc aattgccctc caaggcgtgc tgaacaacat cgggcccaat ggtgctgatg tggcaggagc aagcgccggc attgtggttg ccagtccgag caggagcgac ccaaattgta ggttctttcc caccagaaat tacttattta aaccagccct ctgacaggtt gaagatttct actcctggac acgtgacgca gcgctcacgg ccaaatacct cgtcgacgcc ttcatcgcgg gcaacaagga cctagagcag accatccagc agtacatcag cgcgcaggcg aaggtgcaaa ctatctccaa tccgtccgga gatttatcca ccggtggctt aggtgagccc aagttcaatg tgaatgagac ggcttttaccgggccctggg gtcgtccaca gagggacgga ccagcgttga gagcgacggc cctcattgcg tatgcgaact atctcatcgt aagcttctgc tcgctgccct tctctctgct cgtatgctaa gtagtcctgt caggacaacg gcgaggcttc gactgccgat gagatcatct ggccgattgt ccagaatgat ctgtcctaca tcacccaata ctggaactca tccaccttcg gtaggcaaat gaatattccc gacacagcgt ggtactaatt tgattcagac ctctgggaag aagtagaagg atcctcattc ttcacaaccg ccgtgcaaca ccgcgccctg gtcgaaggca atgcactggc aacaaggctg aaccacacgt gctccaactg cgtctctcag gcccctcagg tcctgtgttt cctgcagtca tactggaccg gatcgtatgt tctggccaac tttggtggca gcggtcgttc cggcaaggac gtgaattcga ttttgggcag catccacacc tttgatcccg ccggaggctg tgacgactcg accttccagc cgtgttcggc ccgtgccttg gcaaatcaca aggtggtcac cgactcgttc cggagtatct atgcgatcaa ctcaggcatc gcagagggat ctgccgtggc agtcggccgc taccctgagg atgtctacca gggcgggaac ccctggtacc tggccacagc agcggctgca gagcagcttt acgacgccat ctaccagtgg aagaagatcg gctcgataag tatcacggac gttagtctgc catttttcca ggatatctac ccttctgccg cggtgggcac ctataactct ggctccacga ctttcaacga catcatctcg gccgtccaga cgtatggtga tggatatctg agtattgtcg tacgttttgc cttagattct caggtgtaaa gaaaaaaatg gaactaactc agttctagga gaaatatact ccctcagacg gctctcttac cgaacaattc tcccgtacag acggcactcc gctttctgcc tctgccctga cttggtcgta cgcttctctc ctaaccgctt cggcccgcag acagtccgtc gtccctgctt cctggggcga aagctccgca agcagcgtcc ctgccgtctg ctctgccacc tctgccacgg gcccatacag cacggctacc aacaccgtct ggccaagctc tggctctggc agctcaacaa ccaccagtag cgccccatgc accactccta cctctgtggc tgtgaccttc gacgaaatcg tcagcaccag ttacggggag acaatctacc tggccggctc gatccccgag ctgggcaact ggtccacggc cagcgcgatc cccctccgcg cggatgctta caccaacagc aacccgctct ggtacgtgac cgtcaatctg ccccctggca ccagcttcga gtacaagttc ttcaagaacc agacggacgg gaccatcgtc tgggaggacg acccgaaccg gtcgtacacg gtcccagcgt actgtgggca gactaccgcc attcttgacg atagttggca gtga。该序列部分碱基段与本案鉴定机构委托北京蛋白质组研究中心检测的被诉侵权产品DNA序列片断完全相同。
中国化工信息中心出具山东隆大公司出口糖化酶（其他编号未列名的酶制品）具体数据的证明，表明山东隆大公司自2010年7月1日至2011年6月30日出口糖化酶3256.6吨；2011年7月至2012年3月出口糖化酶4467.3吨。
诺维信公司和诺维信中国公司在本案一审诉讼中，支付公证费1400元；购买被诉侵权产品的费用24192元；向中国科学院微生物研究所、北京蛋白质组研究中心、中国农业大学食品科学与营养工程学院支付检测鉴定费共计122043元；并采取计时付费和包干制方式向北京市柳沈律师事务所和天津金诺律师事务所支付75000元和72000元。
原审法院认为，本案是在中华人民共和国领域内进行的涉外专利侵权诉讼，诺维信公司和诺维信中国公司请求保护的发明专利权系依我国法律取得，被诉侵权行为发生在我国境内，根据《中华人民共和国涉外民事关系法律适用法》第四十八条、第五十条的规定，应适用我国相关法律的规定。诺维信公司是第98813338.5号“热稳定的葡糖淀粉酶”中国发明专利的专利权人，诺维信中国公司是经专利权人授权许可的专利排他实施许可人，诺维信公司和诺维信中国公司依法有权对发生在专利权有效期间内的侵害行为提起诉讼，请求法律保护。
虽然本案发明专利经山东隆大公司提起无效宣告请求，已被国家知识产权局专利复审委员会宣告部分无效，但无效理由是说明书公开不充分、权利要求得不到说明书的支持以及权利要求表述不清等原因，并未否定本案专利的新颖性和创造性，山东隆大公司在本案中亦未提出足以导致专利无效的现有技术抗辩的证据，而且诺维信公司和诺维信中国公司在本案中主张以专利复审委员会《无效宣告请求审查决定》维持有效的权利要求内容确定专利权的保护范围，因此山东隆大公司诉讼中多次要求中止诉讼不符合最高人民法院关于侵犯发明专利纠纷中止诉讼的条件。
《中华人民共和国专利法》第五十九条第一款规定，发明或者实用新型专利权的保护范围以其权利要求的内容为准，说明书及附图可以用于解释权利要求的内容。根据诺维信公司的专利说明书，本案专利的发明点是具有相应蛋白质序列或DNA序列的葡糖淀粉酶具有较高的热稳定性。权利要求涉及此种热稳定酶的产品特征、用途和生产方法。
首先，关于产品特征的对比（诺维信公司的权利要求以原审法院自编号为准）
⑴诺维信公司和诺维信中国公司的该权利要求为，一种具有葡糖淀粉酶活性的与SEQ ID NO：7中所示全长序列之间同源的程度至少为99％，并且具有由等电聚焦测定的低于3.5的等电点的分离的酶，所述的酶来源于丝状真菌Talaromyces属，其中丝状真菌是T.emersonii菌株。
山东隆大公司的两种规格被诉侵权糖化酶经原审法院委托鉴定机构出具鉴定意见认为，与诺维信公司的该项权利要求技术特征完全相同。山东隆大公司认可二者之间的蛋白质序列和等电点的特征相同，但提出具有该蛋白质序列的酶不一定来源于T.emersonii菌株，鉴定机构所依据的国家知识产权局专利检索咨询中心出具的检索报告并不周延，因此不同意鉴定结论。原审法院认为，鉴定机构经委托权威机构检索被诉侵权产品蛋白质序列的来源，未发现被诉侵权产品的蛋白能够来源于除Talaromyces emersonii以外的其他生物，而山东隆大公司亦未能证明其具有该蛋白质序列的糖化酶来源于其他菌株，故原审法院依法认定鉴定机构特征相同的鉴定意见。
⑵诺维信公司和诺维信中国公司的权利要求为，⑴的酶，其中丝状真菌是T.emersonii CBS793.97。
鉴定机构因没有获得生产该葡糖淀粉酶的菌株，无法进行对比。诺维信公司和诺维信中国公司提交的丹麦技术研究所对T.emersonii CBS793.97菌种的检测报告，整个过程在有关国家公证人员的监督之下，并办理了公证认证手续，符合民事诉讼证据规则关于来源于域外证据的规定，具备真实性、合法性，本院予以采信。该证据与中国科学院微生物研究所对T.emersonii CBS793.97菌株的检测报告能够相互印证，证明T.emersonii CBS793.97的蛋白质序列信息，该信息与山东隆大公司被诉侵权的两种规格糖化酶产品的蛋白质序列之间的同源性超过99％，在缺乏相反证据的情况下，原审法院认定被诉侵权产品与本案专利权利要求⑵之间具有相同特征。
⑶诺维信公司和诺维信中国公司的权利要求为，一种克隆的DNA序列，所述DNA序列编码表现出葡糖淀粉酶活性的酶，该DNA序列包括:（a）在SEQ ID NO:33中所示DNA序列的所述葡糖淀粉酶编码部分；（b）在SEQ ID NO:33中第649－2724位中所示的DNA序列或其互补链。其中所述的DNA序列来源于丝状真菌Talaromyces属，其中丝状真菌是T.emersonii菌株。
鉴定机构因其委托的检测机构无法确定两种被诉侵权产品的DNA序列全长，认为被诉侵权产品是酶，其中本不应该含有该酶的编码基因，因此仅仅对该产品进行检测，检测不出来编码该酶的DNA序列是完全正常的。诺维信公司和诺维信中国公司对此没有异议，但认为其自行委托的北京蛋白质组研究中心和中国科学院微生物研究所的产品检测报告曾检测出被诉侵权产品的DNA序列全长，鉴定机构委托检测时由于被诉侵权产品放置了一段时间，其中的DNA已基本降解，因此无法检出，故仍要求以自行委托检测的被诉侵权产品DNA序列进行认定。原审法院认为，鉴定机构委托检测的被诉侵权产品的蛋白质序列与本案专利保护的葡萄糖淀粉酶蛋白质序列具有99％的同源性，虽然在DNA序列检测中无法确定全长序列，但与诺维信公司和诺维信中国公司自行委托DNA序列检测的部分碱基具有高度一致性，基于在同一种个体中，某种具体功能的活性基因在基因组层次上一般仅具有一种序列的通常认识，以及山东隆大公司不能提供其产品的菌株来源，可以认定诺维信公司和诺维信中国公司自行委托检测机构检测出的两种规格被诉侵权产品的DNA序列全长。
经对两种规格的被诉侵权产品的DNA序列编码氨基酸部分，与该项权利要求（a）的SEQ ID NO:33序列信息中葡萄糖淀粉酶编码部分（第731－2724位）、（b）的SEQ ID NO:33序列信息中第649－2724位所示的DNA序列进行比对，虽存在两个位置碱基的不同（即SEQ ID NO:33序列信息中第1643位为c，第2646位为a，两规格被诉侵权产品相对应位置分别为t、g），但两处不同与前后碱基编码的氨基酸与SEQ ID NO:33序列信息中对应位置编码的氨基酸完全相同，基于不同的密码子序列组可以编码同一个氨基酸这一本领域公知的密码子简并性特点，被诉侵权产品所具有的该特征与本权利要求（a）、（b）特征相比，均属于以基本相同的手段、实现基本相同的功能、达到基本相同的效果，并且本领域普通技术人员无需创造性劳动就能联想到的等同特征。由于被诉侵权产品的DNA序列与SEQ ID NO:33序列信息基本相同，而本领域通常认为同一种个体中，某种具体功能的活性基因在基因组层次上，其所具有的同源性极高的变体序列也会具有所述功能，同时二者所编码的蛋白质序列又具有99％以上的同源性，在没有相反证据的情况下，可以认定具有上述DNA序列来源于丝状真菌Talaromyces属，其中丝状真菌是T.emersonii菌株。因此，两规格被诉侵权产品落入了本项权利要求的保护范围。此外，由于诺维信公司和诺维信中国公司的证据不能证明两规格被诉侵权产品的DNA序列包含SEQ ID NO:33序列信息中第649－2724位所示的DNA序列互补链，因此不足以证明与该特征的相同或等同。
同理，被诉侵权产品亦落入权利要求⑷的保护范围。
其次，关于产品用途的对比
⑸权利要求为，一种用于将淀粉或部分水解的淀粉转化为含有葡萄糖的糖浆的方法，所说的方法包括⑴的葡糖淀粉酶或者由⑶的DNA序列编码的葡糖淀粉酶存在下糖化淀粉水解产物的步骤。
本案专利说明书记载：本发明提供了一种采用本发明的热稳定葡糖淀粉酶由淀粉生产葡萄糖等的方法。一般来说，该方法包括以下步骤：在α—淀粉酶存在下部分水解前体淀粉，然后在葡糖淀粉酶的存在下通过断裂开α—（1→4）和α—（1→6）糖苷键进一步由淀粉或有关寡糖和多糖分子的非还原端水解释放出D－葡萄糖。山东隆大公司在其企业网站和产品宣传册上提出了被诉侵权糖化酶具有相同的转化步骤，因此在被诉侵权产品与权利要求⑴、⑶技术特征相同的前提下，其与该项权利要求亦具有相同特征。
⑹该项权利要求为，一种糖化液化淀粉溶液的方法，所述的方法包括使用⑴的葡糖淀粉酶或者由⑶的DNA序列编码的葡糖淀粉酶的酶促糖化步骤。
本案专利说明书记载：本发明涉及一种糖化液化淀粉溶液的方法，该方法包括采用本发明葡糖淀粉酶的酶促糖化步骤。在本发明的方法中，可以与仅仅水解含有至少4个葡糖残基的分子中α—（1→6）糖苷键的酶结合使用本发明的葡糖淀粉酶。优选地，与支链淀粉酶或异淀粉酶结合使用本发明的葡糖淀粉酶。在G.M.A.van Beynum等人的《淀粉转化技术》（Marcel Dekker，纽约，1985，101-142）中列举了用于脱支的异淀粉酶和支链淀粉酶的用途，所述酶的分子性质以及结合葡糖淀粉酶的所述酶潜在的用途。山东隆大公司在其企业网站和产品宣传册上提出的被诉侵权糖化酶的转化步骤中，明确提出了该产品也能缓慢水解α—（1→6）糖苷键转化为葡萄糖，鉴于该项权利要求是保护具有该蛋白质序列或DNA序列的葡糖淀粉酶的糖化液化淀粉溶液，因此在被诉侵权产品与权利要求⑴、⑶技术特征相同的前提下，其与该项权利要求亦具有相同特征。
⑺-⑼的权利要求分别是根据⑴的葡糖淀粉酶或者由⑶的DNA序列编码的葡糖淀粉酶在淀粉转化过程中的用途、在用于生产乙醇的方法中的用途、在用于生产柠檬酸、抗坏血酸、赖氨酸、谷氨酸的发酵方法中的用途。
山东隆大公司对两种规格的被诉侵权产品具有上述用途不持异议，且其公司网站和产品宣传册上亦有其葡萄糖淀粉酶相应用途的记载，因此基于被诉侵权产品与权利要求⑴、⑶技术特征的相同，其与该三项权利要求亦具有相同特征。
最后，关于生产方法的比对
⑽权利要求为，一种生产⑴的具有葡糖淀粉酶活性的酶的方法，所述的方法包括（a）在适用于所述葡糖淀粉酶生产的条件下，培养包括DNA构建体的黑色曲霉或米曲霉的宿主细胞，所述构建体包括⑶的DNA序列；以及（b）回收所述的葡糖淀粉酶。
专利法第六十一条第一款规定，专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。本案的葡萄糖淀粉酶发明专利申请时间为1998年11月26日、最早的优先权日为1997年11月26日，通过实质审查获得授权，诉讼中经国家知识产权局专利复审委员会无效审查，虽存在部分权利要求无效的情形，但其无效原因均非因缺乏专利的新颖性、创造性、实用性，山东隆大公司亦未能证明专利产品在专利申请日以前为国内外公众所知悉，因此应依法认定本案专利保护的产品为新产品，就该产品的生产方法应适用举证责任倒置规则，在已认定权利要求⑶的DNA序列存在等同替换，并查明山东隆大公司在被诉侵权产品标签和网站上注明使用黑曲霉的情况下，山东隆大公司仍应对其生产方法不同于专利产品承担举证责任，而其以涉及公司商业秘密为由拒绝提供，故原审法院依法认定山东隆大公司使用了本案的专利方法。
⑾根据⑽的方法，其中所述具有葡糖淀粉酶活性的酶来源于Talaromyces emersonii。
基于上述关于生产方法和被诉侵权产品来源的认定，被诉侵权产品亦落入了本项权利要求的保护范围。
我国《专利法》第十一条规定，发明专利权被授予后，除本法另有规定的以外，任何单位或者个人未经专利权人许可，都不得实施其专利，即不得为生产经营目的制造、使用、许诺销售、销售、进口其专利产品，或者使用其专利方法以及使用、许诺销售、销售、进口依照该专利方法直接获得的产品。山东隆大公司未经相关专利权利人的许可，制造、销售、许诺销售与本案专利有关权利要求相同的产品，提供专利权保护的产品使用方法，并使用专利方法，而本案中山东隆大公司未提供证据证明其行为属于专利法规定的不视为侵犯专利权的情形，已构成对诺维信公司和诺维信中国公司专利权的侵害，故依法应承担停止侵害、赔偿损失的法律责任。
根据专利法第七十条的规定，为生产经营目的使用、许诺销售或者销售不知道是未经专利权人许可而制造并售出的专利侵权产品，能证明该产品合法来源的，不承担赔偿责任。众鑫发达公司能够证明其销售的侵权产品来源于山东隆大公司，目前并无证据表明众鑫发达公司应当知道其销售的系侵权产品，故众鑫发达公司依法应承担停止销售的侵权责任，不承担赔偿责任。
关于山东隆大公司的赔偿数额问题。诺维信公司和诺维信中国公司提供的山东隆大公司的网站信息、产品宣传册关于侵权产品的葡萄糖淀粉酶的销售范围和市场占有率，以及中国化工信息中心统计的山东隆大公司2010年6月至2012年3月糖化酶的出口销售数据，足以支持诺维信公司和诺维信中国公司100万元赔偿的诉讼请求。诺维信公司和诺维信中国公司主张的为制止侵权行为的支出，原审法院经审查与案件具体情况相适应，属合理支出，予以支持。
综上，原审法院依照《中华人民共和国专利法》第十一条第一款、第六十条、第六十五条，判决：“一、被告山东隆大生物工程有限公司于本判决生效之日起立即停止制造、销售、许诺销售侵害第ZL98813338.5号发明专利权糖化酶（黑曲霉）产品的行为，并销毁上述侵权产品；二、被告山东隆大生物工程有限公司于本判决生效之日起立即停止使用侵害第ZL98813338.5号发明专利权的方法制造上述侵权产品；三、被告天津市众鑫发达商贸有限公司于本判决生效之日起立即停止销售上述侵权产品；四、被告山东隆大生物工程有限公司于本判决生效之日起十日内赔偿原告诺维信公司、诺维信（中国）生物技术有限公司经济损失人民币100万元；五、被告山东隆大生物工程有限公司于本判决生效之日起十日内赔偿原告诺维信公司、诺维信（中国）生物技术有限公司为制止侵权行为所支付的合理开支人民币294635元。案件受理费16452元，由被告山东隆大生物工程有限公司负担。鉴定检测费527433元，由原告诺维信公司、诺维信（中国）生物技术有限公司负担10万元,被告山东隆大生物工程有限公司负担427433元。”
原审法院判决以后，山东隆大公司不服原审判决，以原审判决认定事实不清，适用法律错误为由，向本院提起上诉。山东隆大公司的上诉请求是：撤销原审判决，发回重审。其主要上诉理由为：第一，原审法院对本案不予中止审理是错误的。在一审审理期间，上诉人以涉案专利保护范围不清楚、公开不充分等理由向专利复审委员会提出无效请求，专利复审委员会作出涉案专利部分无效决定。上诉人不服该决定向北京市第一中级人民法院提起行政诉讼，目前行政案件仍在审理中。由于涉案专利明显处于不稳定状态，原审法院不予中止审理是错误的，故请求二审法院对本案中止审理。第二，司法鉴定机构的鉴定程序明显违法，鉴定结论不应采信。1.检测机构检验的鉴定产品是由被上诉人分装的，检测结果很难保证准确。2. 国家知识产权局专利检索咨询中心不是鉴定机构，不能进行鉴定。3.原审法院对上诉人关于鉴定人员的回避请求不予回复是错误的。第三，鉴定意见书内容存在重大错误。1.上诉人认为北京紫图[2011]知鉴字第38B号《鉴定意见书》中结论第3项认定其产品与涉案专利权利要求3构成等同是错误的主观推定。2.北京紫图知识产权司法鉴定中心委托不具备检测技术和判断能力的国家知识产权局专利检索咨询中心的检索，并据此作出北京紫图[2011]知鉴字第38A号、38B号两份《鉴定意见书》是错误的。第四，原审法院不应在司法鉴定之后，采用被上诉人自行委托检测机构的证据材料认定DNA序列全长。第五，原审法院以仅在说明书或者附图中描述而在权利要求中未记载的技术方案认定山东隆大公司产品落入专利权保护范围是错误的。第六，赔偿数额明显不公平。原审法院依据中国化工信息中心统计认定来源不可靠，294635元的合理支出不应由上诉人承担，鉴定费涉及的大部分涉案专利权利要求已被宣告无效，故鉴定费用不应由上诉人承担。第七，关于举证责任分配不妥，原审法院应给山东隆大公司一定时间对是否为新产品进行举证。第八，被上诉人取证方式为陷阱取证，该种取证方式明显带有欺骗性，不应作为认定侵权及判赔的依据。
诺维信公司和诺维信中国公司答辩称：原审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求驳回山东隆大公司的上诉，维持原判。
原审被告众鑫发达公对原审判决无异议。
本院经审理查明，原审法院查明的事实无误。二审期间双方当事人均未提供新的证据。
本院认为，因诺维信公司和诺维信中国公司所诉本案侵权行为发生在中华人民共和国天津市并因此提起诉讼，故审理本案应适用中华人民共和国法律的相关规定。
诺维信公司是专利号为ZL98813338.5 名称为“热稳定的葡糖淀粉酶”的发明专利的专利权人，该项发明专利目前仍在有效期间内。诺维信中国公司是经专利权人诺维信公司授权许可的专利排他实施许可人。在一审诉讼期间，由于涉案专利经山东隆大公司提起无效宣告请求，国家知识产权局专利复审委员会作出了《无效宣告请求审查决定》，宣告诺维信公司修改、变更后的29项权利要求部分无效。诺维信公司和诺维信中国公司在本案中主张以专利复审委员会《无效宣告请求审查决定》维持有效的权利要求内容为本案专利权的保护范围，故经专利复审委员会《无效宣告请求审查决定》维持有效部分的涉案专利权利要求，即经诺维信公司修改、变更后的29项权利要求中的“权利要求10、11和26、权利要求13和14引用权利要求12（a）、（b）的技术方案、权利要求15－25、27－29中引用权利要求10、11的技术方案，以及权利要求15－25、27－29中引用权利要求13和14，并由此间接引用权利要求12（a）、（b）的技术方案”是本案专利权的保护范围。
第一， 关于本案是否需要中止诉讼问题
根据《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》的第十一条规定“人民法院受理的侵犯发明专利权纠纷案件或者经专利复审委员会审查维持专利权的侵犯实用新型、外观设计专利权纠纷案件，被告在答辩期间内请求宣告该项专利权无效的，人民法院可以不中止诉讼。”本案是发明专利权纠纷，人民法院可以不中止诉讼。原审法院根据司法解释的规定，结合本案的实际情况，对山东隆大公司关于本案应中止审理的主张不予支持并无不当。
第二，关于司法鉴定程序及司法鉴定意见书的证明力问题
（一）司法鉴定程序问题。1. 关于检测机构检验的鉴定产品是否由被上诉人分装问题。根据北京紫图[2011]知鉴字第38A号《鉴定意见书》中委托人提供的相关资料记载“待鉴定产品100000u/ml的糖化酶一桶”，以及北京紫图[2011]知鉴字第38B号《鉴定意见书》中委托人提供的相关资料记载“待鉴定产品200000u/ml的糖化酶一桶”，由此可知，送到北京紫图知识产权司法鉴定中心的鉴定产品是两桶不同规格的糖化酶，证据保全时，天津泰达公证处已对上述两种规格的被诉侵权产品取样分别加贴封条。在山东隆大公司未能举证证明送到检测机构的样品是由二被上诉人分装的情况下，本院对山东隆大公司的该项主张不予支持。2.关于国家知识产权局专利检索咨询中心能否进行检索问题。本案在一审诉讼期间，双方当事人经协商共同选择北京紫图知识产权司法鉴定中心对被诉侵权产品是否落入涉案专利权利要求保护范围（修改前的权利要求1-6、8-10、12、13、25、26）进行司法鉴定。该鉴定中心委托北京华大方瑞司法物证鉴定中心、北京理化分析测试中心和北京蛋白质组研究中心三家检测机构对两种规格的被诉侵权产品进行检测，又委托国家知识产权局专利检索咨询中心作为检索单位对被诉侵权产品蛋白质序列的来源进行检索。由于本案鉴定人北京紫图知识产权司法鉴定中心系双方当事人协商确定，且鉴定人具备鉴定资格，其有权委托上述三家检测机构进行检测，亦有权委托国家知识产权局专利检索咨询中心进行检索，因此鉴定机构根据检测和检索结果作出《鉴定意见书》符合法律规定。山东隆大公司关于国家知识产权局专利检索咨询中心不是检测机构，不能进行鉴定的主张，本院不予支持。3.关于鉴定人员回避问题。在一审诉讼中，原审法院已向本案各方当事人送达拟参与鉴定人员名单并限期三日内向法院提出回避请求。山东隆大公司提出回避的理由为“司法鉴定机构所提供的八名司法鉴定人员均不具备所属技术领域技术人员所应当具备的基本知识和能力。”由于山东隆大公司申请鉴定人员回避的情形不属于民事诉讼法规定的法定回避事由，且上述八名鉴定人员是经司法部备案和北京市司法局批准的具有司法鉴定资质的专业人员，故山东隆大公司关于原审法院对其申请鉴定人员回避没有回复的主张，本院不予支持。综上，本案司法鉴定程序符合法律规定。
（二）司法鉴定意见书的证明力问题。在一审庭审中，原审法院曾组织双方当事人对鉴定意见进行质证。北京紫图知识产权司法鉴定中心闻秀元主任和司法鉴定人员姜建成、关畅出庭陈述，并对山东隆大公司关于《鉴定意见书》的异议问题接受询问和答复。山东隆大公司当庭表示对检测报告没有异议；对北京紫图[2011]知鉴字第38B号《鉴定意见书》中结论第3项认定其产品与涉案专利权利要求3构成等同有异议；对北京紫图[2011]知鉴字第38A号、38B号两份《鉴定意见书》依据国家知识产权局专利检索咨询中心的检索认定其产品与权利要求8构成相同有异议。根据法律规定，当事人对鉴定意见有异议的，鉴定人应当出庭作证。本案中，针对山东隆大公司对《鉴定意见书》的异议，原审法院已经通知鉴定人出庭作证，并由鉴定人就山东隆大公司的异议问题进行了相关陈述及解释。由于山东隆大公司对自己的主张未并提供足以推翻《鉴定意见书》的相关证据，故原审法院依据北京紫图知识产权司法鉴定中心出具的《鉴定意见书》认定案件事实并无不当。
第三，关于被诉侵权产品是否落入专利权保护范围问题
本案专利权的保护范围为二被上诉人主张的经国家知识产权局专利复审委员会《无效宣告请求审查决定》维持有效部分的权利要求。
（一）山东隆大公司主张其产品与专利权利要求3（修改后的权利要求3）不构成等同问题。由于涉案专利权利要求3已被国家知识产权局专利复审委员会《无效宣告请求审查决定》宣告无效且二被上诉人已放弃该项权利要求，故该项权利要求不属于本案专利权保护范围，其与被诉侵权产品是否构成等同不影响对本案事实的认定。
（二）山东隆大公司主张其产品与专利权利要求8（修改后的权利要求10）不构成相同问题。修改后的权利要求10的技术特征为“一种具有葡糖淀粉酶活性的与SEQ ID NO：7中所示全长序列之间同源的程度至少为99％，并且具有由等电聚焦测定的低于3.5的等电点的分离的酶，所述的酶来源于丝状真菌Talaromyces属，其中丝状真菌是T.emersonii菌株。”在一审审理时，山东隆大公司认可其产品与该项权利要求技术特征在蛋白质序列和等电点方面特征相同，但认为具有该蛋白质序列的酶不一定来源于T.emersonii菌株。本院认为，根据北京紫图知识产权司法鉴定中心出具的北京紫图[2011]知鉴字第38A号、38B号两份《鉴定意见书》记载，“在现有检索结果及结论的基础上，没有发现待鉴定产品的蛋白能够来源于除Talaromyces emersonii以外的其它生物。据此得出技术特征：葡萄糖淀粉酶来源于丝状真菌T.emersonii。”上述两份《鉴定意见书》认为被诉侵权产品蛋白质序列的酶来源于T.emersonii菌株。在山东隆大公司未能提供证据证明被诉侵权产品蛋白质序列的糖化酶来源其它菌株的情况下，原审法院依据《鉴定意见书》认定被诉侵权产品的该项技术特征与权利要求10相同并无不当。
（三）关于山东隆大公司主张原审法院不应在司法鉴定后，又采用诺维信公司和诺维信中国公司自行委托检测机构的证据材料认定被诉侵权产品DNA序列全长的问题。一审诉讼中，鉴定机构委托北京蛋白质组中心没有检测出被诉侵权产品的DNA序列全长，仅检测出被诉侵权产品的DNA片段，即在100000u/ml规格产品中检测出两组DNA片段，第一组DNA片段（对应于本案专利说明书记载的SEQ ID No：33序列的672位至1616位）和第二组DNA片段（对应于本案专利说明书记载的SEQ ID No：33序列的1897位至2718位）；在200000u/ml规格产品检测出一组DNA片段（对应于本案专利说明书记载的SEQ ID No：33序列的1878位至2714位）。通过将上述检测出的DNA片段与诺维信公司和诺维信中国公司自行委托检测机构（北京蛋白质组中心和中国科学院微生物研究所）检测出的两种规格被诉侵权产品的DNA序列全长进行比对，这些DNA片段均属于上述全长DNA序列的部分。基于在同一种个体中，某种具有功能的活性基因在基因组层次上一般仅具有一种序列的通常认识，以及山东隆大公司不能提供其产品的菌株来源，原审法院在鉴定机构无法检测出被诉侵权产品的DNA序列全长的情况下，采用诺维信公司和诺维信中国公司自行委托检测机构检测出的被诉侵权产品DNA序列全长，并无不当。
（四）权利要求的解释问题。人民法院对于权利要求，可以运用说明书及附图、权利要求书中的相关权利要求、专利审查档案进行解释。对于仅在说明书或者附图中描述而在权利要求书中未记载的技术方案，权利人在侵犯专利权纠纷案件中将其纳入专利权保护范围的，人民法院不予支持。本案中，权利要求15是“一种用于将淀粉或部分水解的淀粉转化为含有葡萄糖的糖浆的方法，所说的方法包括在……糖化水解产物的步骤。”专利说明书中记载“本发明提供了一种采用本发明的热稳定葡糖淀粉酶由淀粉生产葡萄糖等的方法。一般来说，该方法包括以下几个步骤……”。权利要求18是“一种糖化液化淀粉溶液的方法，所述方法包括使用……葡糖淀粉酶的酶促糖化步骤。”专利说明书中记载“本发明涉及一种糖化液化淀粉溶液的方法，该方法包括采用本发明葡糖淀粉酶的酶促糖化步骤。……”。上述专利说明书所描述内容，即是权利要求15、18记载的内容。原审法院依据权利要求书中已经记载的技术方案，通过说明书对涉案专利权利要求进行解释，并无不当。山东隆大公司关于原审法院仅根据说明书或附图中描述而在权利要求中未记载的技术方案认定产品落入保护范围的主张不能成立。
综上，原审法院将被诉侵权产品的技术特征与本案专利权利保护范围的技术特征逐一进行比对，认定山东隆大公司的被诉侵权产品落入了本案专利权利要求的保护范围，并据此做出停止侵害、赔偿损失的认定并无不当。
第四，关于赔偿数额问题
根据法律规定，侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因侵权受到的实际损失或侵权人因侵权获得的利益计算，赔偿数额还应该包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。原审法院根据被诉侵权产品的销售范围和市场占有率，以及中国化工信息中心统计的山东隆大公司2010年6月至2012年3月出口销售糖化酶的数据，判决山东隆大公司赔偿二被上诉人经济损失人民币100万元以及为制止侵权行为合理支出人民币294635元并无不当。
第五，关于举证责任承担问题
本案专利申请时间为1998年11月26日，由于山东隆大公司不能证明该专利产品的生产方法在专利申请日以前为国内外公众所知悉，故原审法院认定本案专利产品为新产品并无不当。根据专利法第六十一条第一款规定“专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。”据此，山东隆大公司应就其产品的生产方法不同于专利方法提供证明。另外，原审法院在2011年8月30日组织各方当事人进行证据交换时，对新产品举证问题已告知山东隆大公司在开庭时作好准备。故山东隆大公司关于原审法院没有给其时间对新产品进行举证的主张不能成立。
第六，关于本案公证取证方式是否合法问题
2011年3月11日，诺维信（中国）公司公证购买了被诉侵权产品并由公证处出具了（2011）津泰达证经字第1268号《公证书》，该种取证方式符合法律规定。山东隆大公司关于被上诉人“陷阱取证”的主张不能成立。
综上，原审判决认定事实清楚，适用法律正确。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项的规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
上诉案件受理费16452元，由上诉人山东隆大生物工程有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 王屹松
审 判 员 黄砚丽
代理审判员 张 胜
二O一三年十月三十一日
书 记 员 王 斌
