2016年至2021年，全球农业微生物市场预计到2021年市场价值达到50.7亿美元。亚太地区是农业微生物的最大市场，从2016年到2021年，中国预计将是增长最快的国家，主要原因是该地区消费者更多地使用有机产品以及热带和亚热带蔬果。
2016年至2021年，全球农业微生物市场预计将以复合年增长率15.14%的速度进行增长，到2021年市场价值达到50.7亿美元。发展中国家对有机农产品的消费增长以及全球对高价值蔬果的需求拉动了增长。未来市场还将由新技术和符合成本效益、可利用于大田的创新农业微生物制剂产品继续推动。
从类型来分，农业微生物市场主要为细菌产品，其次为真菌产品。细菌类农业微生物可以帮助作物消解土壤中的有毒物质，并对抗根系病害，为整个土壤系统提供稳定性。基于这些特性，细菌微生物占据了农业微生物市场的主要地位。
市场领先的一些公司开展各类研发试验，开出能够降低对生态环境中非靶标生物影响的新产品。市场的另一个驱动因素是，发达国家使用有机及生态农业种植方法的意识较高。其他因素包括消费者对高价值谷物、蔬果的需求增加，以及草坪和景观作物等方面的需求。
2015年，在农业微生物应用的作物种类中，果蔬占据了最大的市场份额。发展中国家对进口蔬果的需求和贸易是推动该部分市场份额增长的主要因素。
从地区来看，亚太地区是农业微生物的最大市场，从2016年到2021年，中国预计将是增长最快的国家，主要原因是该地区消费者更多地使用有机产品以及热带和亚热带蔬果。农业微生物制剂，例如干剂等在北美使用广泛，因为它具有良好的介质可使微生物在未使用时保持休眠状态，从而增长这类产品的货架储存期。
微生物制剂的货架期较短，是制约农业微生物市场发展的主要因素。培养基、pH值、温度、以及其他生理因素等参数影响了微生物产品的生产率和效率。
