川宁生物围绕生产工艺、菌渣研究、废物处理、质量研究、稳定性研究等发酵工业基础应用研究构建企业的核心技术堡垒，而在形成这些核心技术前，都离不开企业建立的菌种选育技术平台的支持。川宁生物通过各种育种手段诱变、筛选、改造、优化工业生产菌种，拥有整套物理化学诱变、基因工程改造、高通量筛选等工业生产菌种选育筛选工艺技术体系。
川宁生物建立的菌种选育技术平台在进行顶头孢霉菌菌株选育时，利用菌种选育技术平台优势，结合菌种代谢特点，定向选择诱变剂，通过三次双因子诱变、菌种选育，使得顶头孢霉菌株的 DAOC、DCPC、CPC 三种代谢产物的含量比例发生改变，其中DAOC 的含量大幅提高，成为实现生物法生产 7-ADCA 的关键，彻底改变了目前化学法生产 7-ADCA 的弊端。
同时在菌种选育技术平台的创新发展下，川宁生物在国内较早地利用菌种选育技术将传统选育技术与基因工程技术结合，实现菌种的优化选育。平台基于基因工程技术选育的红霉素菌种是国内首个将部分红霉素发酵特征异味基因敲除的菌种。同时结合分子筛、疏水性活性炭、高温热氧化燃烧等集成技术，对尾气进行系统性的处理，尾气处理技术体系较为成熟，在实现重要菌种品种的选育工作的同时，也推动了企业尾气治理工作的有效进行。
