“十五”期间我国发酵工业产值比“九五”末增长58.5%，产品产量增长102%，出口创汇增长67.5%。进入“十一五”以来，在国家产业政策的指导下，随着科技创新和技术进步的推进，科技推广应用和产业化步伐的加快，发酵产业产品空间进一步拓展、产业链不断延伸，发展前景更加广阔。据协会统计，2000~2008年发酵产业产品产量从260万吨增长到1300万吨左右，年均增长率达到22.4%，2008年主要产品出口额约34亿美元，同比增长36.6%，显示出强大的活力。味精、柠檬酸、山梨醇的产量均居世界第一，淀粉糖的产量在美国之后，居世界第二位。产品结构方面，以味精为代表的老一代发酵产品在行业中的比重逐步下降，其发展速度保持在年均增长12.0%，2008年占全部发酵产品产量的14.2%；而淀粉糖（醇）则异军突起，2000年~2008年年均增长达到33.6%，其在整个发酵产品中的比例也逐年增高，2008年占全部发酵产品产量的54.3%。目前淀粉糖（醇）已不再简单地被看做是食糖市场的一个有效补充，它的一些产品特性决定了其在改善人民生活质量、提高生活水平方面发挥出更加突出的作用。这使得它的消费领域不断扩大，消费数量迅速增长，从而为推动食品工业的发展和促进以生物科技带动农业产业化发展作出了重要贡献。
发酵产业的技术科技含量较高，已经形成了具有科学研究、生产设计、设备制造等完整的工业体系。特别是在“十一五”期间，行业的技术水平不断提高，原材料消耗大幅降低，技术装备日益先进，先进的管理理念和管理方法已在行业中广泛应用，与国际接轨的各种认证已经普遍采用。近年来，发酵产业在节能减排方面做了大量工作，“十一五”期间，各行业积极开展资源综合利用，高新技术和传统工艺相结合，将各种组分充分回收和利用，做到物尽其用，在提高附加值的同时，减轻和消除对环境的污染。
发酵产业是对农产品进行深加工的高科技产业，对发展农业生产、加快转变农业发展方式、促进城乡经济社会发展一体化新格局具有非常重要的作用和意义。2009年5月国务院办公厅发布了《轻工业调整和振兴规划》，必然推动包括发酵行业在内的农产品深加工业发生深刻的变化，在新形势下迈向更高的发展目标。“十一五”后期，发酵产业将继续配合国家政策调控，促进行业结构调整和产业升级，新型发酵制品将有较大的发展空间，整个发酵产业将保持相对稳定的增速发展。
在科学技术的进步，特别是酶工程技术发展的带动下，发酵产业原料和产品种类逐渐增加，产品应用领域逐渐扩大，现已与造纸、酿酒、制糖和皮革等行业建立起技术创新联盟，这必将成为发酵产业一个新的经济增长点，为我国发展生物经济作出更大贡献，相信发酵工业的发展前景是十分光明的。
