特种功能生物制品行业为我国功能性食品，功能性食品添加剂及配料市场提供不可缺的基础原料，它作为新型发酵工业的重要分支，能够通过高科技生物技术为人类造福，具有巨大的市场需求和广阔的发展空间，正在成为国内外竞相研发的热点。经多年发展，现产品主要是免疫活性多糖、功能性低聚糖、糖醇、生理活性肽类、特殊蛋白质、多不饱和脂肪酸、功能性红曲、维生素类及其前体物质，抗氧化剂类、微生态制剂、核酸制剂、酶抑制剂、功能性食品添加剂及配料等等。具有代表性的几种特种功能生物制品如下：
1.红曲产品：(1)红曲霉：红曲霉许多菌株可以作为酿酒造醋的糖化酶产生菌使用，也可以用于生产较高活性的蛋白酶来腌制鱼、肉等蛋白食品。(2)红曲色素：红曲色素可广泛应用于糖果、饮料、食品和药剂加工中，且没有毒性和致变作用，安全性极高。(3)红曲霉产生降压活性物质。(4)红曲霉产生抗菌活性物质：红曲霉产生抗菌活性物质可抑制蜡状芽孢杆菌、金黄色葡萄糖球菌、荧光假单胞杆菌有较强抑制作用；对绿脓杆菌、鸡白痢杆菌、大肠杆菌有一定抑制作用；对黑曲霉分生孢子的形成有强烈的抑制作用。(5)红曲霉产生的麦角固醇：红曲霉产生的麦角固醇是VD2的前提物质，其受到紫外线照射后即转化成VD。
2.功能性低聚糖：这些糖类不被人体胃肠淀粉酶分解可直达大肠，具有促进双栖杆菌生长，改善人体微生态环境，在润肠通便、改善肠道菌群方面具有重要功能。
3.天然抗氧化剂类：(1)天然维生素E：天然维生素E国际市场年消费量约8000吨，我国总生产能力较小。(2)番茄红素：番茄红素是一种高效抗氧化剂，其抗氧化活性为维生素E的100倍，具有延缓衰老、增强机体免疫力、改善粥样动脉硬化以及美容、抗紫外线辐射等多个保健功能。(3)竹叶黄酮：竹叶黄酮是我国特有品种，具有优良的抗自由基能力，能显著抑制脂质过氧化，降低甘油三酯浓度，降低总胆固醇浓度，提高高密度和降低低密度脂蛋白的作用，是抗病防病的重要因素。(4)辅酶Q10：辅酶Q10是一种脂溶性酯类化合物，是很强的抗氧化剂，对多种疾病有预防和治疗作用，对人体保健和护理也具有重要地位。(5)多酚类天然抗氧化剂：包括茶多酚(绿茶)、白藜芦醇、花青素类(葡萄籽提取物)、碧萝芷(松树黄酮)和大豆异黄酮(大豆)，这些物质都具有较强的抗氧化性。国际市场对大豆异黄酮的需求在1500吨左右，我国有部分出口。(6)自由基清除剂SOD经过修饰、分子包埋等技术处理和偶在人体中半衰期从五六分钟延长至七小时，在常温下可存活六年，可实现工厂化生产。其类似物的分子量小，较易透过生物膜，在食品和化妆品中都有其优越性。
4.真菌多糖：真菌多糖有良好的生物活性。
5.活性肽类：活性肽类可以直接产生活性作用，对促进人体健康发挥重要作用。目前已发现的活性肽有：酪蛋白磷酸肽、大豆肽、降血压肽、高F值低聚肽、糖巨肽、金属硫蛋白、乳铁蛋白、谷胱甘肽等。目前，大豆多功能肽产品已在美国、日本等发达国家得到广泛开发和应用。在国内，我国也有部分大豆肽保健品上市。
6.多不饱和脂肪酸：多不饱和脂肪酸指含有两个或两个以上双键且碳链长为16到22个单元子的直链脂肪酸，它主要包括亚油酸、γ-亚麻酸、花生四烯酸、二十碳五烯酸、二十二碳六烯酸等，可用于预防高血脂、动脉硬化及心脑血管疾病等。这些主要从含油植物或深海鱼类中提得到。
7.微生态制剂：微生态制剂是在微生态学理论的指导下，调整生态失调保持微生态平衡，提高宿主健康水平或增进健康佳态的生理性活菌制品及其代谢产物以及促进这些生理菌群生长繁殖的物质制品。按微生态的主要成分，分为益生菌、益生元和合生元。
益生菌是指投入后通过改善宿主肠道菌群生态平衡而发挥有益作用，达到提高宿主健康水平和健康佳态的益生菌活菌型制剂及其代谢产物。益生元是指能够选择性地促进宿主肠道内原有的一种或几种有益细菌生长繁殖的物质，通过有益菌的繁殖增多，抑制有害细菌生长，从而达到调整肠道菌群，促进机体健康的目的。目前发现的主要有双歧因子，如各种低聚糖。合生素是指益生菌和益生元同时并存的制剂，此类制品是以益生菌和益生元同时并用，服用后可大量增殖益生菌，使之大量繁殖，更有利于发挥抗病、保健的有益作用。
