自承担科技部工业微生物菌种资源共享平台建设项目工作以来，CICC经过几年的发展，建立了成熟的菌种多相鉴定评价技术体系，包括菌种形态分析、生理生化鉴定、rDNA核酸序列分析、看家基因序列分析、Biolog微生物自动分析系统以及API（Analytic Products INC）鉴定系统等。采用多相鉴定评价技术体系，可在种水平上对微生物进行准确鉴定。CICC开展菌种多相鉴定业务以来，受到各生产厂家、科研院所和大专院校的普遍关注，并得到了行业的广泛认可。
随着微生物菌种应用的进一步发展，在食品安全管理、生物产品出口认证、知识产权保护等行业需求日益增加，微生物菌种株水平的鉴别技术，已提到议事日程上来，成为一个迫切需要解决的问题。目前微生物菌株鉴别的方法主要有：同工酶分析（Isozyme electrophoresis）、脉冲场电泳核型分析（Electrophoretic karyotype）、随机扩增的多态性DNA分析(Randomly fragment length polymorphic DNA, RAPD)、限制性片断长度多态性分析(Restriction fragment length polymorphism, RFLP)、 扩增片断长度多态性分析(Amplified fragment length polymorphism, AFLP)、单链构象多态性分析(Single-stranded conformatational polymorphism, SSCP)、微卫星位点分析（Microsatellite loci）及DNA序列测定（DNA sequencing）等。
最近，CICC对微生物菌株鉴别技术进行了研究和探索，取得了阶段性进展。采用RAPD技术能够对同一菌种原始菌株与诱变菌株进行鉴别，对诱变菌株知识产权保护具有重要意义；采用SSCP技术进行工业酒精酵母菌株的鉴别，此技术结合菌株发酵特性，在酒类生产的质量控制方面起到积极作用。
案例1：采用RAPD技术对蛹虫草原始菌株与其诱变菌株的鉴别
案例2. 采用SSCP技术对31个工业用酿酒酵母菌株进行鉴别
