以提高基因工程疫苗的免疫能力和安全性为目标，国家863计划通过科研人员攻关建立了畜禽基因工程疫苗和免疫佐剂研发技术体系；口蹄疫和禽流感等一类传染病基因工程疫苗的研究取得了重大突破，引导了新一代基因工程疫苗的发展方向，并为重大动物疫病的防制奠定了坚实的基础。
在克隆抗原或疫苗研制用相关基因的基础上，构建了高效表达的稳定载体，建立并完善基因工程疫苗安全性评价体系和规模化生产工艺。
（1）自主分离获得禽源腺病毒，在进行基因物理图谱定位的基础上，构建具有自主知识产权的转移表达载体。
（2）gE-单基因缺失重组病毒疫苗株经灭活并制成油乳剂灭活苗，建立、优化、完善了重组病毒的技术平台，技术含量和应用效果上的达到国内外的领先水平，并在中南、西南地区建造了GMP生产车间，已获得GMP证书及生产许可证。
（3）构建了稳定、高效表达的A型口蹄疫病毒多基因重组腺病毒，获得了AsiaI型口蹄疫病毒多基因转基因植物，在酵母菌中成功地融合表达了O型口蹄疫VP1与细胞因子IFN，从而为口蹄疫防制提供了强大的技术储备。用青海血蜱和微小牛蜱的免疫基因进行原核表达或真核表达研究进展顺利，抗蜱亚单位疫苗的研制成功，将对有效防制家畜血液原虫病意义重大。
（4）完成了禽传染性支气管炎冠状病毒S1、M、N三个基因的真核表达质粒的构建，确定了含有真核表达质粒的大肠杆菌的发酵工艺，研制的DNA疫苗免疫攻毒保护率达到90%以上，安全性为100%。基本确定了疫苗的生产工艺，具有原始创新性。
（5）建立了检测血清抗体水平的ELISA方法、淋巴细胞转化试验、排卵减少率和综合抗球虫指数，有效防治了球虫对鸡的感染。
（6）建立了快速、大批量体外筛选具有免疫刺激活性的CpG寡核苷酸（CpG ODN）的技术平台，攻克了串联的、多拷贝重复序列克隆技术难关，建立了富含CpG重组质粒基因工程菌150升高密度发酵工艺并自行创立了一种改进的碱裂解质粒DNA大规模提取方法。
