据上海农科院有关人士透露，该院通过几年努力，完成了转基因生物检测技术方法标准方面的研究和转基因检测标准体系的建设，填补了我国在转基因农产品的定性、定量检测技术方面空白，很大程度上满足了我国农产品进出口贸易的需要，并取得了一定的经济效益；此外，配合农业部和上海市地方农业行政主管部门开展转基因农产品执法检查，协助主管部门加强对国内外转基因农产品的监管，使消费者的知情权与选择权得到满足，取得了广泛的社会效益。
上海农科院在国内外率先开展了转基因油菜T45、转基因玉米MON863的转化事件特异性的序列分析，并建立了其定性、定量PCR检测方法，检测方法灵敏度达到欧盟和ISO标准要求。参与制定农业部农业转基因生物检测技术领域的国家标准2项；在国外期刊上发表SCl研究论文3篇；申请国家发明专利1项。
由于该院在转基因农产品检测技术研究方面的人才和技术积累，农业部批准在该院筹建农业部转基因植物环境安全监督检验测试中心(上海)。农业部两次组织对上海农科院转基因生物安全检测能力测试，均评级为“优秀”。
上海农科院利用建立的转基因生物PCR检测技术标准方法，为上海市及周边省市40余家公司和厂家开展了转基因农产品检测服务，检测了数百批1000余例样品，产生直接经济效益近100万元，为企业节约检测开支百万元以上。这些大大促进了我国转基因产品标识制度的实施，满足了消费者对转基因产品的知情权和选择权，保障了上海乃至全国农产品的正常国际贸易。
