采用发光菌评估水质毒性时，需要结合化学指标进行分析，反之亦然。另外，污水的成分复杂，有时可能会对发光菌造成刺激效应，从而掩盖抑制效应，因此需要结合其他生物(如藻类、水蚤和鱼类)的毒性试验进行评估。不同生物对毒性的敏感性不同，采用不同层次的生物进行评估，有利于准确评估水的毒性。即使只采用发光菌进行毒性试验，必须同时采用多种细菌进行验证。
测定时存在一定的干扰因素，需要尽可能消除干扰。水样的浊度、盐度、pH值、细菌的培养基等都可能对结果造成影响，导致重复性差。另外，如果使用冷冻干燥细菌，培养基成分可能影响毒物的生物利用度或细菌的发光强度，因此需要结合细菌的来源和类型对结果进行阐述。
由于发光细菌法与其他生物监测方法相比具有快速、简便、灵敏等特点，相信在水域(水体)水质评价、水质水量污染控制、水质管理以及水域(水体)规划方面发挥更大的作用。发光细菌法已在水质、环境评价以及生态规划中得到了广泛的应用。随着技术的发展，发光细菌法将和电子技术以及光电技术相结合,逐步发展为在线监测系统，为水质分析提供更加快速的测试手段。另一发展方向就是和先进的化学分析方法相结合，为环境监测提供更加全面和细微的毒性分析。总之，出于发光细菌法具有其独特的优点，世界各国都在努力完善它，相信这一测试方法在环境监测中发挥更大的作用。
