多年来，山东临沂金沂蒙生物科技有限公司始终注重环境保护工作，先后投资过亿元进行“三废”治理。同时，该公司积极以科技创新为先导，探索资源合理开发综合利用为重点的循环经济发展模式，走出了一条绿色化工发展之路。
早在1997年，金沂蒙生物科技公司就投资1800余万元建设了综合污水处理场，采用具有高效削减COD及脱氮除磷能力的处理工艺，对生产废水进行处理；1998年又利用新工艺、新技术对污水处理系统进行技术改造，增上了30多台套运转设备，建成了比较完善的污染治理设施，有效治理了“三废”污染；2006年，又投资近5000万元建设了1万吨/日废水处理再提高改造工程，不仅使外排废水COD等污染物含量均降到国家规定标准以下，同时沼气日产气量达4万~6万立方米，所产沼气输入循环流化床锅炉掺烧生产蒸汽及发电，从根本上解决了环境污染问题。
为减少大气污染，该公司投资1000多万元采用先进的氨法脱硫技术，对锅炉脱硫系统进行了改造，脱硫副产物直接用来生产硫酸铵化肥或复合肥，不产生新的污染源，实现了“以废治废、变废为宝”。特别是投资1.5亿元新建的余热余压综合利用工程，每年可节约标准煤0.8万吨，减少二氧化硫排放160吨，减少二氧化碳排放2.5万吨。通过以上工程，该公司的废水、废气、废渣全部得到综合利用，实现了环境效益、经济效益和社会效益的共赢。
发展循环经济，是实现企业可持续发展的必由之路。在2001年以前，金沂蒙的主导产品只有甲醛、醋酸等几个品种，产品链的纵向延伸和横向关联严重不足。近年来，该公司将循环经济纳入整体规划，委托山东大学编制了循环经济发展规划，加大了研发和投入力度。目前，通过产业链的纵向延伸、横向拓展和就地循环，企业初步形成了生物化工、煤化工等产业链，水、电、汽等辅助设施得到配套良性发展，形成了主业、辅业、副业高度融合、互惠互生、协调发展的产品体系，使资源、产品、废料得到充分利用，建立起上下游产品接续成链、关联产品复合成龙的化工生态工业体系。
为最大限度地利用和节约资源，该公司积极研究论证上下游产品之间的生产配比关系，不断优化产品结构，不仅使处于闭路循环内的产品产量更加科学合理，还壮大了部分产品的规模。通过扩产改造和填平补齐，醋酸酯类产品已成为企业的主导产品，市场占有率逐步攀升；发酵原料深加工产品已由原来乙醛、醋酸发展成乙醛、丁烯醛、醋酸酯等10多个品种；煤化工产品由原先的液氨、碳酸氢铵两种初级产品发展成为液氨、甲醇、醋酐、醋酸等10多个品种。经过产品结构的优化调整，该公司的产品规模不断扩大，成本优势逐步显现，大大增强了市场竞争能力。
近几年来，金沂蒙生物科技公司重点对“三废”资源利用进行研发创新，实现了从传统的资源—产品—废弃物单向线性生产模式到资源—产品—再生资源循环经济模式的转变。一是投资扩建了工艺冷却水闭路循环处理系统，大幅度地削减了地下水的采出量，使工业用水重复利用率达到90%以上；二是投资购进并投运了废气回收专用燃烧炉，不但使废气得到有效治理，而且回收了大量热能，每年可节约200多万元；三是实行热电联产，掺烧沼气、污泥、废渣等，每年可节约标准煤0.7万吨。
