抗生素的耐药性和不合理的使用对健康产生不良的后果，研究开发抗耐药菌有着重要意义。华药新药中心经过多年的技术攻关，研发出“新型抗耐药菌抗生素普那霉素”。该项目在研制攻关过程中，开发了具有自主知识产权的分离纯化工艺，纯化粗提收率大大提高，制备的纯度高于国外原研药的水平，产品的研究和产业化将打破国外企业垄断的局面。华药新药中心开发的另一个抗耐药菌新药“达托霉素”，在发酵工艺、高产菌株选育、提取工艺，以及适合企业化生产的制剂工艺等方面都有新的突破，制备精粉纯度高于进口药的品质。
“那他霉素及滴眼剂的研制开发”课题是华药新药中心在自有的制剂研发技术平台上开发出的具有广谱抗真菌的药物，这也使华北制药成为国内首家具有高纯度医药级那他霉素原料药和滴眼液生产的资质企业。“新型抗艾滋病、丙型肝炎病毒先导化合物的筛选”课题成功筛选出了3个全新结构化合物进行临床前研究，具有较好的阻止病毒复制的功效。
