5 抗菌肽研究存在的问题
目前，研发绿色、新型、高效、低毒、广谱的抗菌制剂已成为全球的热潮。新型抗菌肽不断被发现，天然抗菌肽的人工修饰最大限度提升抗菌肽的抗菌活性。
虽然抗菌肽的研究时间不长，大量研究结果预示，抗菌肽的应用将带来生物医药领域的一场“绿色革命”，但magainin，indolicidin，protegrin等体外抗菌活性较好的抗菌肽已进入临床超过10年，还存在抗菌活性较弱，非特异性毒性作用和对蛋白酶敏感等问题而限制其应用[52]。真正将抗菌肽推向市场，应用于临床可能还要面临很多挑战，还必须继续深入研究以下几个问题。
5.1 抗菌肽的来源问题在动物体内天然含量极微，天然资源有限；其次，抗菌肽分子量小，分离纯化困难，提取步骤烦琐、得率低；再次，抗菌肽化学合成成本高，价格昂贵。如何提高抗菌肽的产量，降低生产成本的难题成为目前抗菌肽研究与应用的瓶颈。
5.2抗菌肽的活性问题虽然基因工程抗菌肽在一级结构上与天然抗菌肽一致，却无法保证空间结构上的一致而造成活性差异。另外，天然防腐剂的抗菌谱较窄，客观上使其应用领域受到了限制。
5.3抗菌肽的毒性问题至今尚无资料表明抗菌肽的体内毒性问题。但抗菌肽可能会引起过敏反应，仅用于局部治疗；许多天然抗菌肽都有溶血性。
5.4 抗菌肽的功能与结构的关系问题 目前，天然来源的抗菌肽已不能满足进一步对其作用机理及其高级结构研究的需要。
5.5 抗菌肽的体内稳定性问题抗菌肽一级结构中由于含有多个碱性氨基酸残基(如赖氨酸、精氨酸)而容易被胰蛋白酶水解，从而限制了抗菌肽作为抗感染药物的体内使用。开发同时具有抗菌活性与胰蛋白酶抑制剂活性的双功能多肽，为解决抗菌肽作为药物的体内使用遇到的蛋白酶水解问题提供了新的方法。
5.6 抗菌肽的耐药性问题由于抗菌肽或者细胞应激反应因子触发病原体产生的一种耐药性机制，这种机制包括：微生物对抗菌肽的应激协同反应，蛋白酶介导的耐药性，细胞内外靶位的修饰和抗菌肽的外排作用等[53]。例如：Perron等在实验室中对E. coli和 P. fluorescens 进行持续600~700 代的筛选，22/24谱系独立进化出了可遗传的对阳离子抗菌肽exiganan 的耐药性[54]。金黄色葡萄球菌除可分泌蛋白酶降解抗菌肽产生耐药性外[55]，还可以通调节vraDE和vraSR 改变膜的转运作用而产生对蛙类抗菌肽temporin L和dermaseptin K4-S4的耐药性[56]。
5.7 抗菌肽在生命体防御系统中准确地位以及模式生物研究抗菌肽表达水平与各种疾病具有相关性。抗菌肽、防御素与消化系统疾病如幽门螺杆菌感染、炎症性肠病、消化道肿瘤的关系已成为研究热点，但缺少用于研究的生物模型而制约研究的发展。
5.8 抗菌肽的基因工程表达存在的问题基因工程表达抗菌肽存在的问题主要有：抗菌肽分子小，易被蛋白酶降解，缺乏检测抗菌肽方法。基因的表达产物可能对宿主有害。目的基因在宿主基因组中的随机整合有可能造成宿主染色体突变，同时也可能影响其他基因的表达。转抗菌肽基因动植物阳性率偏低及其最终应用时的安全性还有待研究等。
寻找有效的抗生素的道路困难重重，开发出一种新的抗生素需要耗时日久。在抗生素耐药性日益严重、病毒病和肿瘤仍未攻克的今天，抗菌肽的出现无疑为人们寻找理想的抗菌、抗病毒和抗肿瘤药物提供了新的领域，抗菌肽的应用将给解决细菌抗药性、药物残留等关键问题带来希望。新型、高效、低毒、广谱的抗菌肽将会在农业、食品、卫生用品、医药、化妆品、生物农药、生物饲料添加剂、天然食品防腐剂、动植物抗病基因工程等领域发挥重要的作用，为人类创造巨大的价值。
