污染一方面来自这些生物发酵企业达标或不达标排放的废水、未按《国家危险废物名录》进行识别、进行安全处置的菌丝残渣和污泥，这些属易于观测到的污染，各地政府已开始投入治理；而另外两类污染隐患——随工业废弃物排出的抗生素成分残留，和废水存放造成的地下水污染，则尚未纳入政府监测范围。
“污水湖”成形
2012年6月，有媒体报道位于巴彦淖尔的联邦制药向乌梁素海排污，昔日“草原明珠”、内蒙古第二大渔场成为“尿盆子”。《中国经营报(博客,微博)》记者日前两次到内蒙古调查采访，发现乌梁素海污染并非孤例。为了消化当地产量庞大的玉米和大豆，以生产抗生素原料药、味精为主的生物发酵类企业仍是内蒙古许多盟市政府眼中的重要“招商引资”目标。这些高耗水、高污染企业分布在内蒙古各个丰水地区，并以污染回报自然。
在呼和浩特市西南部的托克托县，由于托克托工业园区企业常年通过农业用的黄河灌溉渠向草原碱滩排污，该县伍什家镇出现一个巨大的污水湖。这些污水主要来自工业园区的生物发酵企业。
此“人工污水湖”已经清晰地出现在谷歌卫星地图上。在谷歌地图上，可以看到托县的伍什家、官地营、杜家壕、什家壕之间，有了大片呈亮黑色的水面。水面主要部分呈梯形，梯形上部又有一个三角形。记者在“湖泊”边实测到，这个污水湖面积为1.475平方公里。
污水湖东侧杜家壕村一位白姓村民告诉记者：“原来湖的位置是天津大邱庄集团种玉米的地方，后来大邱庄走了就栽成红柳，再后来就放上了臭水。已经五六年了，夏天连窗户都不敢开。”
记者在4月份采访时，草原上的红柳开始复苏，泛红；湖岸的红柳是红色的，湖里水位下降后露出红柳都已干死呈黑色。
据记者调查了解，此污水湖的源头正是托克托工业园区内的多家生物发酵企业。这些企业从黄河引水作为生产用水，废水经过两级污水处理厂处理后，排入氧化塘晾晒、蒸发。但氧化塘蒸发量有限，并不是污水的最终去处；工业园区又在氧化塘侧面开口，通过管道接入农用的引黄灌溉渠。这样，污水顺着农灌渠，一部分进入农田，另一部分顺其中一条渠道直排到伍什家等村所有的碱滩地，形成污水湖。
这一流程长达十多公里，由于使用灌溉渠排放，沿途没有暗管、防渗等措施，途经托县伍什家、古城两个乡镇30多个行政村的农田。地下水被污染程度如何，由于没有任何监测，迄今没有数据。该县20万人口目前主要从黄河和挨近和林格尔的东山地区引水来供给生活用水。
记者在污水湖周边的伍什家、杜家壕、官地营等村采访时，得知过些村的年轻人都已早早离开或搬离家乡，除了“务工潮”影响之外，另一重要原因是家乡已“臭得不能待”。水不能喝，窗户不能开，地不敢浇，他们只能离开。
记者见到伍什家村农民郭某时，他正在田里耙地，说到污染他非常激动。他说他家当年是“走西口”从山西寿阳迁到这里的，在这里开荒地，打井，建房，安定下来才五六代人光景，而现在，恐怕又得逃离了。“但我现在老了，能到哪儿去？工厂把我们害惨了，我们到哪里去告？”
老郭还透露，沿灌溉渠排下来的污水，黄河水水位有变化时，可以倒灌进入黄河。
记者还看到，污水流过的两边大片农田，已经严重盐碱化。
治理之难
经过两级污水处理厂处理后排放到农灌渠里的工业废水是否达标排放，一直存在争执，像一个谜团。2012年8月托县政府通过的《托克托工业园区环境综合整治方案》（以下简称《方案》）揭开了谜底。方案写到：工业园区内工业企业废水排放始终不能稳定达到二级污水处理厂的进水要求。
托县环保局工作人员向记者介绍，一、二级污水处理厂各自设定的处理任务是不同的，一级处理不达标，意味着二级处理后的水也不会达标。《方案》同时也确认，二级污水处理厂处理过的水缺乏明确出路，排入氧化塘的临时措施“存在污水渗漏污染地下水源的隐患”。
今年4月，记者来托县采访时，10家涉水的生物发酵企业已经停产整顿。托县政府下决心彻底解决以药企为主的生物发酵污染问题。对当地农民来说，最大的利好是政府承诺今后绝不会再将污水排到灌溉渠里。尽管地下水好转还遥遥无期，至少在地面上，今年可以放心浇水了。
与托克托工业园区做法相同，巴彦淖尔市也委托中国环境科学院等单位编制了《乌梁素海综合治理规划》（以下简称《规划》）。规划显示，受工业废水、生活污水和农业退水排入的影响，乌梁素海水质急剧恶化，长期处于劣五类状态。2012年《第一财经日报》的报道引述巴彦淖尔市河套水务集团公布的一组数据表明：每年进入乌梁素海的水大概是3.5亿到4亿立方米，其中生活污水和工业废水就有2亿立方米，而乌梁素海的总库容只有3.2亿立方米。
规划的目标是减轻污染，水质达到四类水标准，仅此，按照《规划》中的描述，需要治理到2020年，总投入86.2亿元。
而联邦制药（内蒙古）公司被指当地百姓指为乌梁素海污染的元凶之一。
在集中了内蒙古70%的水资源，被视为“中国后园”的呼伦贝尔，现在，抗生素原料药生产企业沈阳同联集团和“全球最大的谷胺酸生产企业”阜丰集团都盯上这里，正在大规模铺排产能。沈阳同联投资的牙克石北方制药和阜丰集团投资的扎兰屯“呼伦贝尔东北阜丰生物科技有限公司”均已建成投产。
根据同联集团在呼伦贝尔经济技术开发区的投资介绍，其在牙克石工业园区成立的“呼伦贝尔北方药业有限公司”一期工程年生产能力是，青霉素工业盐2000吨、6-APA500吨、维生素C2000吨。还在建设中的生产线有：可利霉素50吨每年、利福霉素1000吨每年、红霉素1400吨每年、古龙酸10万吨每年、6-APA1万吨每年。
记者5月份来到北方药业厂区时，工厂全天在满负荷生产。一到中午，成群工人走出厂门，回到租住地或在附近小吃店解决午饭。他们中的技术工人多来自江西。
北方药业建在牙克石市区北部，以“试生产”名义投入生产已经一年多，工业废水排向西孤山与东孤山之间一个巨大的储水池，储水池建在牙克牙西北方向的天然湿地中间。根据2012年当地媒体的一则相关报道，北方药业废水储存池是牙克石市政府以西郊湿地保护工程名义兴建的，所储废水在夏季海拉尔河水位上涨时随河排放。
牙克石市委宣传部向记者确认北方药业“处于试生产期”，但没有接受记者关于药厂环保状况方面的采访。
根据专业资料，制药工业废水通常具有成分复杂，有机污染物种类多、浓度高、含盐量高和NH3-N浓度高、色度深且具有一定生物抑制性等特征，相对于其他有机废水来说，处理难度更大，彻底处理的成本畸高。据中国化学(601117,股吧)制药工业协会环保专业委员会秘书长甘丽华的说法，制药行业治污，其工作量相当于其他行业，如纺织业、造纸业的5~8倍。
制药污水的危险和处理成本高，在于其含有复杂的“特征污染物”非常规污水所有。浙江省是较早的生物发酵制备抗生素原料药小企业集中的地方，浙江省2009年为本省化学制药行业制定的环保准入指导意见，对污水处理环节是这样规定的：“必须配套合适的化学原料药生产废水预处理措施和设施，除常规指标外，尤其应关注特征污染因子的治理对策，污水处理工艺设计必须考虑生产过程使用或产生的高毒害或生物抑制性强、难降解有机物的处理单元。高氨氮、高盐分、高浓度等废水应配套单独的预处理措施。”
工厂产生的固体废物如菌丝残渣、处理污水后的底泥也有极大环境隐患。废水和菌丝残渣中含有的抗生素分成残留目前还没有纳入环保常规检测项目，对环境影响尚不可知。利用菌丝残渣制作有机肥，在许多抗生素原料生产企业宣传册中被宣传为污染物无害化处理的“循环经济”样板，但通过环保部环境规划院给托克托工业园区编制的治理方案，本报记者了解到，这种“有机肥”目前也仅提倡施给观赏性植物，由于其含有抗生素成分对人的影响不能确定，禁止这种肥料洒向庄稼、蔬菜和饲草。
针对这一行业，环保部专门编制有《发酵类制药工业水污染物排放标准》，该标准2008年发布，经过两年过渡期后，已于2010年7月开始实施。但有业内人士称，目前在运行的企业，绝大部分连旧标准都达不到。如果新标准严格实施，在线监测设备真正运转，这些企业真的会“生死难卜”。
在草原广袤、长河奔流的呼伦贝尔，牙克石北方药业带来的污染直观感受还并不显著，似乎也不是地方政府重点考虑的问题。北方药业的二三期扩建工程正在推进，同样由沈阳同联集团投资，生产抗生素原料药的呼伦贝尔经济技术开发区鸿洋药业厂区也在加紧施工。可以预计，数倍于北方药业的抗生素原料药生产线将在呼伦贝尔草原上建成投产。
