验收专家组听取了实验室主任邓子新院士所作的建设验收汇报，审查了有关资料并现场考察了实验室及所属平台的建设和运行情况。专家组成员一致认为，微生物代谢国家重点实验室立足微生物学科前沿，以微生物重要代谢途径的揭示、改造与优化等基本科学问题为核心，协调布局基础研究和应用基础研究，定位准确，方向明确，符合微生物代谢领域的发展趋势;研究队伍人员结构合理，人才培养和队伍建设成效显著;实验室管理运行良好，开放与交流广泛，在突破关键技术、开展国际合作、发展交叉学科等方面取得良好进展。专家组成员一致同意微生物代谢国家重点实验室的建设通过验收。
专家组成员同时对实验室的后续建设也给出意见和建议，希望实验室根据不同研究方向的需要，进一步加强国内外高层次人才的引进和培养，促进人才合理流动;进一步凝练微生物代谢中的科学问题，争取形成重大成果，不断提升实验室在微生物代谢领域的国际学术地位和国际影响力。
