同样，国内的生物燃料乙醇产业也遭遇到了尴尬的境地。早前为了解决陈化粮问题，国家在“十五”期间批准建设了4个燃料乙醇生产试点项目：吉林燃料乙醇有限公司、黑龙江华润酒精有限公司、河南天冠燃料集团和安徽丰原燃料酒精股份有限公司。在政策的指引下，大量产能迅速上马。至2005年底，上述4家企业规划建设的102万吨燃料乙醇产能全部达产。
然而，初期靠玉米为原料来发展生物燃料乙醇的模式被证明行不通。经过几年的集中消化后，国内陈粮的供应已经达到极限，无法满足燃料乙醇的原料需求。部分企业新粮使用比例甚至高达80%。但随着粮食安全问题的日益突出，政府对将玉米用于燃料乙醇的态度也发生了明显转变。
前瞻产业研究院发布的《2013-2017年中国生物燃料行业深度调研与投资战略规划分析报告》显示，2006年，国家提出“坚持非粮为主，积极稳妥推动生物燃料乙醇产业发展”，随后将所有燃料依存项目审批权收回中央;2007-2010年，国家发改委三次要求全面清理玉米深加工项目。与此同时，以中粮生化为代表的企业收到的政府补贴不断缩水。2010年，中粮生化享受的安徽省定点企业生物燃料乙醇弹性补贴标准为1659元/吨，也比2009年的2055元下调396元。燃料乙醇2012年获得的补贴则更低，公司以玉米为原料的燃料乙醇，每吨补助500元;以木薯等非粮作物为原料的燃料乙醇，每吨补助750元。此外，自2015年1月1日起国家将取消变性燃料乙醇定点生产企业的增值税先征后退政策，同时以粮食为原料生产用于调配车用乙醇汽油的变性燃料乙醇也将恢复征收5%的消费税。
面临与人争粮、与粮争地的问题，未来我国生物乙醇的发展空间受限，政策支持力度也将逐渐减弱，生物燃料乙醇生产企业将面临越来越大的成本压力。而对于习惯了靠补贴生存的燃料乙醇企业而言，未来的发展前景不容乐观。
