国家工程中心实行优胜劣汰、动态调整的运行评价制度，由国家发展改革委每两年对通过正式核定的工程中心进行一次评价，评价以“对行业的贡献度、科技及研发成果、体制与机制、收入”为主要指标，兼顾技术条件、科技活动等共十项目标来综合评分、认定，评价程序主要包括数据采集、数据初审、数据核查与分析、评价结果和评价报告的审核。
新药公司2007年被国家发改委批准并命名为“微生物药物国家工程研究中心”。自成立以来，通过自主开发创新、技术引进再创新、产学研合作研究等多种形式，建立了具有自主知识产权的微生物药物的研究开发以及工程化、产业化的技术平台和技术创新体系，提高了我国微生物制药行业的整体创新能力，促进了行业技术进步，为地方经济发展做出了重要贡献。
