通过10多年的投入建设，云南大学微生物学科研究人员报道占了全国90%，全世界55%的捕食线虫丝孢菌，包括新属3个，新种65个。通过形态学及核编码基因与蛋白编码基因的分子系统学分析，修订并建立了捕食线虫丝孢菌新的分类系统并得到国际同行认可。报道了占全球65%的食线虫真菌侵染性丝氨酸蛋白酶及编码基因，完成了重要侵染蛋白酶及其编码基因的功能研究。首次解析并报道了食线虫真菌侵染蛋白酶的晶体结构，完成了结构与功能研究，为致病毒力基因的遗传改造提供了靶点。以典型食线虫真菌为对象，通过全基因组测序以及比较基因组学、生物信息学和蛋白组学的有机结合，提出了该类真菌从腐生到寄生的基因调控网络，为微生物从腐生到致病的生活史转换理论做出了贡献。发现并报道了细菌侵染线虫的“特洛伊木马新机制”。研究报道活性化合物183个，新化合物77个，新骨架化合物14个。目前全球共报道来源于嗜热真菌的化合物30个，云南大学微生物学科报道了11个。从极端环境嗜热真菌中分离到6个新骨架大环内酯化合物，发现2个化合物对病原线虫的致死率与目前国际上最好的杀线虫生物农药阿维菌素相当，且结构式显著小于阿维菌素，更利于人工合成。完善了中国西南野生种质资源库微生物库，建成与资源库配套的信息平台。新增微生物种质资源120种，2000余株。目前，微生物资源库已成为国内外有影响的微生物菌种保藏中心；建成微生物功能基因库和微生物次生代谢产物化合物库。新增各类功微生物功能基因100个，1000余份，新增微生物次生代谢化合物550个。
多年来，云南大学微生物学科主持国家“973”计划、“973”前期研究、国家基金重点等国家和地方科研项目150余项。培养一大批博士后、博士、硕士。主持获国家科技进步二等1项，云南省自然科学一等奖、云南省科技进步二等奖、云南省科技创新团队奖多项。获国家发明专利授权56项和中国专利局、世界知识产权联合颁发的中国专利金奖。
据全球基本科学指标数据库（简称ESI）最新统计显示：云南大学已有两个学科进入ESI全球前1%，其中之一就是微生物学，这表明云南大学的微生物研究已产生全球影响。
