从原料来看，生物化工目前主要原料为玉米、玉米芯、大豆、林木、废弃生物质等，行业近年来一直饱受原料成本居高不下之苦。其中，最成熟、产业化最为普遍的原料就是玉米，近年来玉米价格始终保持在2000元／吨以上。而一些以废弃农产品、林产品、油脂等作原料的企业，又面临原料收集困难、与非法途径争原料等苦恼。仅从这一点上看，生物化工就输在起跑线上，被远远甩在后面。
在低油价时代，生物化工产品的成本竞争力更差，和石油化工产品争夺市场，可以用以卵击石来形容。以环氧乙烷为例．生物合成路线市场盈亏平衡点为原油价格70～80美元／桶，而当前原油价格在这一区间之下。因此，在与石油化工产品争夺市场时，生物化工毫无招架之功，一些企业不得不选择停产。大成生化科技集团近日发布消息称，暂停生产生物化工醇，购入的101吨催化剂未使用已过期。
作为生物化工大众品种，燃料乙醇也有同样的境遇。因原油价格下滑，当前汽柴油价格全面进入5字头，燃料乙醇成本每吨倒挂2000元以上。今年，对于燃料乙醇行业来说将是最艰难的一年。而以玉米秸秆、玉米芯等为原料的化工产品，盈亏平衡点更高，市场竞争力更差。
从生产过程来看，随着石油化工技术日臻成熟，从设备到催化剂的国产化程度比较高；而生物化工醇、醛等产品，发展时间短，技术大都引进，尤其是催化剂也均采用进口产品，价格昂贵。
从产业结构来看，石油化工发展时间长，通过多次调整，产业结构相对合理。而生物化工整体自主创新能力差，产业链条短，附加值低。企业规模小，多数企业仍集中生产一些比较成熟、技术要求相对较低的仿制品种，市场同质化竞争严重，具有国际竞争能力的龙头企业尚未形成，拥有自主知识产权的核心技术和核心产品少。
不过，笔者认为，虽然生物化工行业目前遭遇困境，但从长远看，仍是朝阳产业。一是石油化工的原料是化石能源，属于不可再生能源。生物化工原料可再生，属于国家大力扶持的新兴产业。二是生物化工作为石油化工的有益补充，是我国探索化工多样化的积极尝试，具有重要的现实意义。三是原油价格不可能长期处于这样的低位，反弹到一定区间，必定赋予生物化工勃勃生机。
