有的健康产品从业人员认为，只有含活菌的乳酸菌食品才有保健功能，而灭活的乳酸菌食品没有保健作用。
对此，台湾生合生物科技研究所林金生所长表示，灭活的乳酸菌产品含有小分子功能肽、游离氨基酸、维生素等生理活性物质，同样具有良好的健康功能。活菌和灭菌型的乳酸菌食品是目前各大食品企业开发的重点，将引领健康食品潮流，发展前景十分美好。
食品保鲜技术专业人士、上海康久消毒技术中心的周立法先生认为，为避免高温高压杀菌方式破坏乳酸菌食品的风味和功能成分，并延长乳酸菌食品的保质期，乳酸菌食品企业可采用双核臭氧杀菌技术、动态消毒技术、HACCP质量管理体系等综合保质措施。
乳酸菌产品包括乳酸菌体和乳酸菌代谢产物，以及用这两类物质加工而成的产品（如酸奶、乳酸菌饮料）。我国对乳酸菌益生性能的研究始于20世纪80年代，目前对乳酸菌的研究集中于其作用机理方面。乳酸菌作为定居于肠道中的有益菌群，保健功能很多：减缓乳糖消化不良，治疗腹泻、阴道炎，激活免疫系统，抗肿瘤和突变，抗氧化，缓解过敏，增加矿物质的吸收，降低血清胆固醇等。
乳酸菌益生作用机理较复杂，一般分为两种：一是直接作用，菌体本身及其活性代谢物对有害物质的黏附或降解。二是间接作用，乳酸菌及其代谢产物调节肠道菌群及其代谢酶活性、调节机体免疫活性及机体部分酶活性，起间接益生作用。乳酸菌益生作用的物质主要包括乳酸菌的代谢产物，如乳酸、乳酸菌胞外多糖（EPS）、乳酸菌细胞破裂后释放的肽聚糖、细胞内酶等。国际上对乳酸菌益生功能机理的观点为：活的和死的乳酸菌都有益生功能，只是发挥功能的机理、剂量、安全性等有差异。
活菌制剂有时会引起炎症，如活性乳酸菌在肠管未成熟、炎症或免疫不全时，会突破肠壁、侵入机体，引发炎症，此现象叫位移。活性乳酸菌还存在受抗生素影响及耐药性基因转移等问题。
而死细胞乳酸菌制剂不受抗生素影响，含菌量稳定，无耐药基因转移和菌体位移的危险，安全性更高。乳酸菌细胞经适当破碎后，具有更好的改善免疫等某些功能。
著名的日本微生态学家光岡知足教授也撰文称，益生菌的活菌或死菌体都有多种相同的生理功能。1994年在德国召开的国际会议曾定义：益生菌制剂是含有活菌或死菌(含其成分和产物)的微生物制品，可经口服或其他黏膜摄取，以改善黏膜表面细菌或酶的平衡，刺激免疫功能。
因使用菌株、验证方法不同,关于死菌、活菌对人体的生理功能仍缺乏系统阐述。随着对乳酸菌研究的深入，特别是分子水平的菌株严格筛选、生产技术的发展和分离水平的提高，乳酸菌及其代谢产物将不仅用于食品，还将扩充至营养品和药品的范畴。
目前，乳酸菌产品已进入高速发展时代，各种新品层出不绝，功能诉求丰富。乳酸菌产品已从单纯活菌功能的时代，进入活菌、死菌竞争的时代，两类产品各有优势。本文简要介绍目前市场上流通的以下几种主要的乳酸菌食品。
发酵乳及乳酸菌饮料：活菌、死菌争夺市场
发酵乳是典型的乳酸菌产品，占据各大超市的冷藏柜，各大乳品企业争相开发，主要诉求的是活性乳酸菌的肠道改善功能。同时，市面上也出现了灭菌型的风味发酵乳和灭菌型乳酸菌饮料产品，且销量飞速增长。特别是乳酸菌饮料企业，更是将乳酸菌和果汁、蔬菜汁、谷物等天然元素结合，不断推出健康、营养、口感丰富的产品，受到年轻消费者的青睐。乳酸菌发酵果蔬汁已在全球市场亮相，从2005年至今，全球市场大约有超过100个这类新品上市。特别是在日本，各种类型的发酵复合野菜汁非常流行，给普通果蔬汁增加了生物活性的概念。
有些乳酸菌饮料企业采用高温高压方式杀菌，虽可延长乳酸菌产品的保质期，但会破坏产品中的功能肽、维生素等热敏性物质，从而降低乳酸菌产品的风味和保健价值。采用双核臭氧杀菌技术和NICOLER动态消毒技术，可较好地解决杀菌强度和保存功能成分之间的矛盾。
乳酸菌膳食补充剂：小包装更方便
乳酸菌膳食补充剂在近两年发展迅猛，呈颗粒或粉末形态，采用1～2克的便携小包装，可随身携带、随时享用，非常方便。电子商务给各类乳酸菌膳食补充产品提供了广阔的市场。儿童益生菌、女士益生菌、老年益生菌等乳酸菌产品以各种功能形式、精美包装面市。消费者越来越认识到乳酸菌的健康功能，愿意接受这类产品。除活菌产品外，类似于乳酸菌素、乳酸菌酵素等一些乳酸菌代谢产物及非活菌乳酸菌制品也呈现出增长趋势，且这类产品还有极大的市场空间。
传统食品：泡菜也用乳酸菌
泡菜是中国的传统食品，千百年来，中国家庭一直以自然发酵方式传承泡菜食品。近年来，国内及韩国等市场上都出现了以添加乳酸菌发酵而成的乳酸菌泡菜，产品口味出现了更好的可控性，且有望解决泡菜制作中存在的高盐、高亚硝盐的健康问题。
从事食品保鲜技术开发的上海康久消毒技术中心的周立法先生认为，在发酵乳和乳酸菌饮料等乳酸菌食品的生产过程中，采用动态消毒技术和双核臭氧杀菌技术，可有效预防微生物对食品的污染、降低杀菌压力和温度、减少杀菌时间，从而有效保持乳酸菌食品的风味质量和营养健康功能，且可延长乳酸菌食品的保质期。
臭氧是一种高效杀菌剂，具有强烈的消毒灭菌作用，杀菌彻底迅速。在消毒灭菌的同时，臭氧可自行还原为氧气，不留任何痕迹，无二次污染，环保安全。使用臭氧杀菌，还可避免紫外线杀菌能效低、化学熏蒸污染大的缺点。
应用双核臭氧杀菌技术，可有效提高食品的卫生安全质量。双核臭氧杀菌技术适用于食品生产企业的原料及成品贮存、保鲜、消毒的工艺过程之中，例如，可用于：冷库杀菌消毒；乳酸菌食品等产品的生产车间空气的灭菌净化；蔬菜水果、禽蛋的加工、贮藏及防霉保鲜；水产品杀菌保质；食品的生产用水、生产工具、容器、包装物等的杀菌消毒。
国内的食品消毒技术研究机构采用双核臭氧杀菌技术，研制成功了“双核臭氧杀菌设备”，在保障食品安全方面，该设备具有重要作用：杀菌效果显著；设备稳定性高；可远距离遥控操作，使用安全性高；性价比高，价格合理；日常的使用成本低。
