可以预见，在未来的乳饮料市场发展中，发酵性乳酸菌饮料的市场优势将愈来愈强。因此，建立具有自主知识产权的乳酸菌菌种资源库，筛选和开发适合我国乳酸菌发酵饮料业发展的益生乳酸菌菌种、发酵剂和益生菌制剂显得尤为重要。真正实现具有自主知识产权的益生乳酸菌菌种、发酵剂、益生菌制剂及益生菌发酵饮料的市场化，缩短与发达国家在该领域的差距，有利于我国科技创新体系的形成以及乳酸菌产业和乳品工业的可持续发展。
我国乳酸菌饮料发展战略主要为：
第一，加强乳酸菌资源的收集，建立专业化的乳酸菌菌种资源库。我国不同地域的自然环境和气候以及我国不同少数民族制备传统发酵乳制品所采用的原料、工艺等方面的差异，使得我国乳酸菌资源丰富的生物多样性和基因多样性是任何其他国家所没有的。我国少数民族传统乳制品中各种乳酸菌是重要的可利用生物资源，因此，发掘、收集、保藏我国少数民族几千年流传下来的传统发酵乳制品中的乳酸菌资源，建立乳酸菌资源库及基因库，对今后我国乳酸菌资源可持续利用及核心技术的突破有着重要的意义。
第二，加强在益生乳酸菌方面的基础研究积累，突破核心技术利用先进的分子生物学技术，应用基因组学、蛋白质组学、代谢组学、生物信息学等从整体上研究益生乳酸菌菌种分类、重要生物学特性和菌种的高效筛选。通过分析检测益生乳酸菌在宿主中代谢调控规律和机制，结合宿主肠道微生物区系变化，特别是益生乳酸菌在宿主体内定植、基因表达等特征，了解益生乳酸菌对宿主代谢的调控和影响以及乳酸菌益生性状的表达特点和作用机制。
第三，研究开发适合于中国人群生理特点的益生菌及产品，制订相应标准从生物学角度考虑益生菌不同人种的适应性，利用人类基因组学的研究成果，建立适合于中国人群生理特点的益生菌评价体系，进而开发适合于中国人群生理特点的益生菌，制订益生菌制品的菌种筛选和产品的标准。
第四，设立长效的科学研究和人才培养机制，加强企业与研究单位的合作，设立长效科学研究机制，保证研发的持续性和人才队伍的建设；建立有效的企业和研究单位长期、紧密的合作关系；鼓励企业进行基础研究，开发真正的高技术产品。企业可以买来先进设备，引入高水平管理模式和人才，融入巨额资金，但买不来益生乳酸菌资源及相关产品开发的核心技术。从长远发展来看，自主开发将是我们的最终选择。
