我国柠檬酸行业经过几年的发展，生产水平有了很大的提升，但部分企业生产规模较小，技术、装备水平均相对落后，生产过程产污量污染物治理效果差，且环保与节能减排意识不强，影响污染物稳定达标排放。有些企业在工程设计的时候，没有充分考虑节能降耗和污染治理问题，厂房、水、电、汽、热等系统设计不规范，增大了节能减排的难度；一些企业污染治理设施老化，排水不能做到长期稳定达标；一些企业基础计量设施和专业人员配备不完善，未实现三级计量，配备的环保人员也缺乏应有的培训和管理，导致环保设施运行较差。
(2)提取技术与国际先进水平存在差距
我国柠檬酸行业在菌种、发酵技术、污水处理及废弃物综合利用技术等方面已处于国际先进地位，但在提取技术上与国际先进水平相比还存在一定差距，如国内分离提取工艺大部分采用钙盐法，产污强度高，而国外则采用色谱分离提取工艺，有效成分损失少，能耗较低。目前我国色谱分离技术中的部分核心技术来源于国外，成本相对较高，这也成为制约推广的主要因素。
(3)资源利用深度不够，产品附加值较低
在柠檬酸生产过程中其资源综合利用深度不够，产业链较短，产品附加值较低。目前一些发达国家原料利用率已达到99％，而我国平均水平在95％。大部分柠檬酸生产企业都是以玉米为原料进行发酵生产的，原料中30％的非淀粉副产物全部加工成饲料出售，深度加工不高。
(4)固体废弃物未能完全综合利用
因国内柠檬酸分离提纯工艺大都采用钙盐沉淀法，在柠檬酸生产过程中要消耗大量的硫酸和碳酸钙，产生大量废水、固体硫酸钙废渣。在污水治理方面，目前国内绝大部分柠檬酸生产企业均已投资建设污染治理设施，使废水能够达到排放标准要求。但在柠檬酸生产过程中还产生了大量硫酸钙废渣，行业内少部分企业对硫酸钙不能做到完全综合使用，只能长期堆放或填埋，对环境造成一定危害。
(5)低端产品占主导，高档产品开发不够
我国柠檬酸产品主要以低端产品占主导，高档产品开发不够，导致国内柠檬酸价格偏低。面对日趋激烈的市场竞争，生产企业应加大技术投入，向下游开发高档次产品。如无水柠檬酸具有不结块、利于运输、贮存和使用等特点，国外近年来对无水柠檬酸需求增长迅速，是柠檬酸产品的发展方向之一。此外，我国柠檬酸深加工产品品种少，不及国外的一半。目前美国药典已经收录的柠檬酸下游产品有柠檬酸钙、柠檬酸铁、柠檬酸氢二胺、柠檬酸铁铵、柠檬酸锌等。这些产品在国内的生产和应用已经起步，我国企业应借此契机向精细化、多元化、系列化方向发展。
(6)产品依赖出口
柠檬酸产能的快速扩张加剧了市场竞争，也加快了市场整合，生产迅速向大企业集中。我国最多时有上百家企业生产柠檬酸，平均产能仅为几千吨。现在生产企业为20余家，然而这种产能快速发展对企业和市场都产生影响。首先是严重依赖出口，2002年，我国柠檬酸出口达28万t，出口量占产量比例为72％，2006年出口量57．1万t，出口比例为79．3％，2010年出口85．1万t，出口比例为86．8％，出口比例逐渐增大。近年来，能源、化工原料、粮食等价格大幅上涨，人工、环保等费用也有较大上升，但由于柠檬酸市场竞争过度，出口价格上升幅度远远不及成本上升幅度，给企业经营造成很大困难。
