微生态制剂是指从自然环境提取分离的并经培养扩增的有益微生物。水产养殖用微生态制剂包括活菌体、死菌体、菌体成份、代谢产物及具有活性的促生长物质等。微生态制剂的研究起源于1905年，70年代日本小林正泰将光合细菌运用于水产养殖，并获得显著成就，我国在80年代末90年代初将光合细菌用于水质改良和病害防治。
一、作用原理和优点
1、参与养殖动物体内的微生态调节。分泌抑菌物质抑制病原体的增长，与病原菌争夺营养或附着点，抑制其他微生物的生长。
2、防止动物体内有毒物质的积累。 阻止胺和氨的合成，消除氧自由基、血液及粪便中的氨等有毒物质含量。
3、提高动物机体免疫力。可作为免疫激活剂刺激水产动物产生干扰素，提高免疫球蛋白浓度及活性，调整肠道内菌群构成，使肠道内的微生态平衡加以改善。
4、净化水质，消除污染物。通过有益微生物的气化、氨化、硝化、反硝化、解磷、及固氮等作用，将水体有害物质分解为二氮化碳、硝酸盐、硫酸盐等无毒物质，进而被水体中的藻类加以利用，起到净化水质的作用。
5、促进生长。菌体含有大量的营养物质，如蛋白质、矿物质和维生素等，可为水产养殖动物补充营养，微生物在发酵或代谢过程中产生促生长类的生理活性物质，可提高体内消化酶的活性，促进其生长。
二、种类和使用方法
1、光合细菌：菌体本身含60%以上的蛋白质，且富含多种维生素，促进水产养殖动物生长；它以光和热为能源，将水体中的氢分离出来，变有害物为无害物质，改良水质。水产生产上经常使用的为红假单胞菌。目前产品的剂型有水剂和粉剂两种，通常水剂的活菌含量尾3×109/毫升，而粉剂活菌含量为1×1011/克。水剂加入抑制剂后有效期为3-4个月，而粉剂经特殊加工后有效期为12个月，生产上肥水时可与有机肥或无机肥混合后泼洒，调节水质时与吸附剂合剂使用效果较明显。
2、硝化细菌：是一种好氧菌，在水体中是降解氮和亚硝酸盐的主要细菌之一。主要有硝化细菌和亚硝化细菌2个类群，目前产品的剂型有水剂和粉剂两种，通常水剂的活菌含量1×109/毫升，而粉剂活菌含量为1×104/克。水剂有效期为7-10天，而粉剂经特殊包装后有效期在6-12个月。生产上硝化细菌繁殖速度较慢，20多小时才能繁殖一代，因此要提前使用。
3、芽孢杆菌：是一种化能异氧菌，目前用于水产养殖业主要是枯草芽孢杆菌，产品剂型为固体粉剂，通常活菌含量在1-2×109/克，有效期12个月左右，使用前要活化培养，采用原池水加少量红糖或蜂蜜，浸泡4-5小时后全池泼洒，泼洒时同时开动增氧机。
4、蛭弧菌：是一种寄生于其他细菌细胞内并能使其裂解的一类细菌，生产上主要用来净化水体，减少水体致病微生物数量，降低鱼虾蟹染病率和控制病害的发生。生产上运用的品种为嗜水气单胞菌噬菌蛭弧菌，产品剂型为水剂，活菌含量为1×109/毫升。
5、乳酸菌：是一种厌氧或微缺氧菌，pH值3-4.5仍可生长繁殖，在养殖动物的肠道内定植，合成维生素，辅助食物消化，促进营养物质吸收，克服腐败过程，生产上作为饲料添加剂。
6、双歧杆菌：是一种厌氧菌，最适生长温度37-50℃，pH>8.0不生长，具有维持肠道菌群平衡，治疗肠道功能紊乱，抗肿瘤和免疫调节功能，在生产上可以用于鱼类、甲鱼等爬行类的饲料添加，增加免疫能力。
7、放线菌：目前水产生产上运用的主要是嗜热性放线菌，对于养殖水体中的氨氮降解及增加溶氧和稳定pH值有较好效果，尤其在甲鱼温室养殖运用更佳，与光合细菌合用效果更好。
8、酵母菌：酵母细菌富含蛋白质、核酸、维生素等营养成分，适口性好，可促进养殖对象摄食，提高消化吸收率，增强抗病力。泼洒外用能有效分解溶于池水中的糖类，迅速降低水体中生物耗氧量，改善水质。
9、EM：主要由光合细菌、乳酸菌、酵母菌等5科10属80余种有益菌种复合而成，目前水产上只有7-8个菌种组成，在效果上尚未达到EM菌的设计要求。产品剂型以水剂为主，有效活菌数标准为2×109/毫升。在水质恶化池塘可全池泼洒EM菌，增加溶解氧，降低氨、硫化氢等有害物质，改善水质。
