从酱醅中分离出的酵母菌有7个属23个种。其中有的对酱油风味和香气的形成有重要作用，它们多属于鲁氏酵母(Saccharomyces rouxii)和球拟酵母(Torulopsis)。
鲁氏酵母是酱油酿造中的主要酵母菌。菌体形态在麦芽汁中培养3d细胞为小圆形或卵圆形，大小为2.5～5μm×3.5～8.5μm。适宜生长温度为28～30℃，38～40℃生长缓慢，42℃不生长。最适pH4～5。生长并活跃在酱醅这一特殊环境中的鲁氏酵母是一种耐盐性强的酵母，抗高渗透压，在含食盐5％～8％的培养基中生长良好，在18％食盐浓度下仍能生长，在24％食盐浓度下生长弱。维生素H、肌醇、胆碱、泛酸能促进它在高食盐浓度下的生长。在高食盐浓度下，其生长pH范围很窄，为4.0～5.0。培养基中食盐浓度不同时，这些酵母发酵糖类的情况也不同。在不添加食盐的基质中，利用葡萄糖和麦芽糖发酵；而在食盐浓度18％的培养基中，容易利用葡萄糖发酵，几乎不利用麦芽糖。
酱醅中典型的鲁氏酵母是大豆接合酵母(Zygosacharomyces sojae)和酱醪接合酵母(Zygosaccharomyces major)的菌株。它们都是耐盐性的非产膜酵母，在分类上是非常近缘的种属，在形态学和生理学上只有很小的差别。它们都能利用葡萄糖、麦芽糖及果糖发酵，不能发酵乳糖，不能利用硝酸盐。在酱醅发酵前期，由于酱醅中糖含量高，pH适宜，酵母的酒精发酵旺盛，酱醅中酒精的含量达到2.0％以上，同时生成少量甘油、琥珀酸以及其他多元醇。
球拟酵母在酱醅发酵后期，随着糖浓度降低和pH下降，鲁氏酵母发生自溶，而球拟酵母的繁殖和发酵开始活跃。球拟酵母是酯香型酵母，能生成酱油的重要芳香成分，如4-乙基苯酚、4-乙基愈创木酚、2-苯乙醇、酯类等，因此，认为球拟酵母与酱醅的香味成熟有关。另外，球拟酵母还产生酸性蛋白酶，在发酵后期酱醅pH较低时，对未分解的肽链进行水解。酱醅中重要的球拟酵母有：①易变球拟酵母(Torulopsis versatilis)，细胞呈圆形或卵圆形大小为2～8μm×3～l0μm，生长最适温度25～30℃，35℃生长弱，最适pH4～4.5，pH>5时生长弱，食盐浓度12％以下时生长良好，食盐浓度18％时能生长，但需要维生素B1、肌醇、胆碱等生长因子，食盐浓度24％时生长弱。无盐条件下能发酵麦芽糖和乳糖，食盐浓度18％时不能发酵乳糖。②埃契氏球拟酵母(Torulopsis etchellsii)，细胞呈圆形或卵圆形，大小为2～4μm×3～5μm，最适生长温度为25～30℃，35℃生长弱，37℃不生长；最适pH4～4.5，pH>5时生长弱，食盐浓度8％～12％时生长良好，食盐浓度18％时能生长，但需要维生素B1作为生长因子，环胺和泛酸也能促进生长。食盐浓度18％时不能发酵乳糖。③蒙奇球拟酵母(Torulopsis mogii)，细胞呈圆形，极少数为卵圆形，适宜生长温度为30～35℃。在10％食盐浓度的酱醅中生长旺盛，18％食盐浓度下能生长。在固体培养基上，菌落为乳白色，表面光滑有光泽，边缘整齐。
在发酵后期的酱醅中，由于糖分较少，已生成一定量的酒精，氨基酸浓度增高，而且有高浓度的食盐存在，因此球拟酵母不会发生过度繁殖。但是在采用添加人工培养酵母工艺时，加进多量鲁氏酵母不会发生不良影响，球拟酵母添加过量，会使酱醅香味恶化。这是因为球拟酵母生成过量醋酸、烷基苯酚等刺激性强的香味物质的缘故。
