但随着抗生素被长期大剂量滥用，以及对饲用抗生素更为深入的研究，其种种弊端也逐渐被人们所认识。尤其是近年来，由饲料安全问题引发的事件此起彼伏，引起全世界越来越多人的关注，抗生素在饲料中的添加也受到越来越多科学家和畜牧工作者的反对。总体来说，饲用抗生素长期大量用作饲料添加剂，将导致以下负面效应：1、产生耐药菌株；2、直接造成畜禽机体免疫力下降；3、引起畜禽内源性感染和二重感染；4、影响动物生产性能；5、在畜产品和环境中造成残留。
基于长期使用抗生素的种种缺点，饲用抗生素替代品在近年来也不断成为畜牧养殖领域最热门的关键词之一。概括起来，现在市场上的饲用抗生素替代品有如下几种：活菌微生态制剂、中草药类、有机酸、酶制剂、低聚糖类、多肽类，在这6种替代品中，目前公认最安全、功效最全、最有市场发展前途的就是活菌微生态制剂。
活菌微生态制剂主要使用的菌种就是乳酸菌，乳酸菌作为动植物防御系统的一个重要组成部分，具有稳定性好、绿色安全、广谱杀菌等优点，且在不易产生耐药性方面明显优于传统抗生素。随着现代科学对乳酸菌作用机制及其基因表达调控机制认识的不断深化，活菌微生态制剂被广泛应用于畜牧业生产过程中势在必行，使之成为抗生素替代品被证明是完全可行的。
然而，当乳酸菌进入畜牧养殖领域时，一方面由于发酵、保存等技术的成熟必须经历一定过程，另一方面由于乳酸菌良好的市场前景，使得市面上一时间出现了很多种"乳酸菌"，这给广大养殖从业者带来了困惑和迷茫，认为乳酸局菌效果慢、成果不显着，更不敢以此取代抗生素。
黑龙江省微生物研究所作为国内最早专业从事饲用菌种技术研发与转化的机构，自开始进入活菌微生态制剂领域以来，就将替代抗生素，提高猪群整体健康水平作为产品研发的主线。在50年卓有成效的深度研究和技术应用中，不仅确立了在国际菌种技术领域中的领先地位，更通过技术转化给哈尔滨中科，将其应用于畜牧生产中，对目前已知的可以饲用的菌种进行了分类和分析，建立了完备的菌种库。 目前，已成功构建出10个抗菌肽基因工程菌，其中6个已经成功进行产业化应用。另一方面，哈尔滨中科也积极开展各项国内外合作交流，通过大量现场试验以及标准研究试验数据，证明了用哈尔滨中科活性乳酸菌替代抗生素是完全可行的。
尤其是在以活性乳酸菌替代抗生素，提高猪群整体健康水平方面，黑龙江省微生物研究所与白俄罗斯国家科学院于2012年6月起进行国际合作，就乳酸菌的耐胃酸、耐胆汁技术进行研讨，进一步揭开了活性乳酸菌那"神秘的面纱".合作通过标准化的对照试验、替代试验以及针对仔猪大肠杆菌病的保护试验等，充分证明了哈尔滨中科活性乳酸菌产品在提高仔猪免疫力，改善仔猪生长性能，抵御仔猪断奶应激综合症等多个方面均有效；也证明活性乳酸菌可以有效减少抗生素药物使用，消除抗生素带来的各种负面效应。
对比抗生素、溶菌酶及天蚕素，活性乳酸菌在降低料肉比和提高平均日增重方面均效果明显。其中按0.25%比例添加该系列产品就可以轻松就达到甚至超过添加抗生素的效果，添加0.5%该系列产品使用效果要明显优于添加抗生素，最快24小时见效。另外，大肠杆菌对仔猪的生产性能有显着影响（（P<0.01）），而肽轻松可以有效控制大肠杆菌对仔猪的毒害作用。
2011年，哈尔滨中科又分别在昆明市某猪场和山东诸城某猪场进行了现场的药物替代和预防保育仔猪发病的试验，通过数次重复试验进一步证明，在现阶段畜牧养殖业中，活性乳酸菌以其独特的物理作用及功能优势，成为了首选的抗生素替代品。
通过上述数据我们可以看出，在正常仔猪日粮中添加哈尔滨中科生产的活性乳酸菌产品不仅可以有效替代抗生素，来实现提高平均日增重、降低料肉比和发病率的目的，而且活性乳酸菌在预防猪群疾病方面也有优于抗生素的效果。长期使用，更可显着降低用药量及药物成本，消除药物危害，能从根本上提高仔猪健康水平和生长性能，由此，在畜牧养殖业对"无抗时代"的呼声越来越高涨的今天，哈尔滨中科用自己独特的理念与方式，凭借自身在活菌控制技术以及基因工程领域的雄厚实力，赋予活性乳酸菌产品更丰富的内涵，使之完全展现出替代抗生素的显着效果，成为首选的抗生素替代者。
