1、安全性
菌株的选择首先应保证生理安全性，即必须通过国家权威部门鉴定，符合国家的相关法规和食用的安全性。
2、 粘附性
粘附是益生菌发挥保健作用的关键步骤。Lank和Shah曾对嗜酸乳杆菌及双歧杆菌诸菌种的粘附性进行了研究，发现只有1/6的嗜酸乳杆菌和2/9的双歧杆菌表现出相对较好的粘附性，而一般来说，双歧杆菌要比嗜酸乳杆菌的粘附性好一些，其中婴儿双歧杆菌（B.infant）与长双歧杆菌（B.longum）最好。
3、耐氧性菌株
益生菌大多数属于厌氧菌。由于细胞内缺乏过氧化氢酶，氧存在时使细胞无法分解自身代谢所产生的过氧化氢，而过氧化氢对碳水化合物代谢系统中的果糖－6－磷酸解酮酶的活性存在不可逆的阻碍作用，同时细胞内的某些辅酶也会因氧的存在而失去活性。这不仅给实验和生产带来诸多不便，也给食品，医药活菌制剂的包装，存放，运输增加了额外费用。所以，选育耐氧菌株，可以使生产工艺和保藏方法得到大大简化。
4、 营养代谢能力
在益生菌酸乳中，益生菌与酸乳菌相比，其营养代谢能力比较弱。因此选择菌株时，充分考虑其营养代谢能力，旺盛的代谢能力不仅对工业化生产很有意义，而且还可以降低对培养基质的营养要求，提高生产效率。
5、 对酸度和胆汁的耐受性
据报道，人体摄入的活菌发酵乳制品在经过胃部及十二指肠之后，仅有大约1％的菌体能够存活下来，益生菌作为活菌乳制品的活性成分，一个重要的原因就是它具有耐酸、耐胆汁能力，这是选择益生菌菌株的最重要指标之一。对于人体消化道内高酸度和高浓度胆汁环境，益生菌要具有较好的耐受性，在通过人体消化道过程中都能有较高的存活率，这样便更有益于人体健康。
6、稳定性
从整个生物工程的角度出发，菌株的稳定性是保证产品质量的重要保证。如果菌株的性能不稳定，从某种意义上说：它就是一个不适宜生产使用的菌株。它可能导致产品的质量没有保证。这里的稳定性应当还包括了菌株在特定的保存条件下，菌株活性和功能等的稳定性。
7、保健作用
简单的说，如果一株益生菌没有明显的保健作用，我们就可以放弃它。而具有明显保健功能和具有居多保健作用或能发挥最大发挥保健作用能力的菌株，我们应当努力开发、挖掘。
8、方便性
主要是指菌株对生长营养条件的要求不要太苛刻。如有较广泛的营养生存空间，能够粗旷式的培养、不易染菌、能抵抗不利的环境条件等。使得工业生产能够顺利实现。
综合以上，应当还要考虑一个整体的经济效应性。
