种子的制备是抗生素发酵生产的第一道工序，而且是很重要的一步。因此，如何创造条件保证提供发酵单位高，生产性能稳定，数量足够及不被其它杂菌污染的纯种，就成为种子制备工艺的关键。种子制备包括两个过程即生产大量孢子的孢子制备过程和生产大量菌丝的种子制备过程。孢子一般是在发酵部门的“菌种岗位”利用固体培养基制备。种子则是在发酵部门的“种子岗位”利用种子罐制备的。
某些抗生素产生菌的孢子发芽和菌丝繁殖速度较缓慢，为了缩短种子罐培养周期和稳定种子质量，可先将孢子经摇瓶培养成菌丝后再进罐，即一级摇瓶种子。种子制备则是将摇瓶种子接入种子罐后，在罐中繁殖成为大量菌丝的过程，从而缩短发酵罐繁殖菌丝时间，提高合成抗生素的时间。
种子制备的工艺过程，因抗生素品种不同而异。①摇瓶直接接入种子罐扩陪后转入发酵罐发酵，进行抗生素的生物合成，称为二级发酵。例如青霉素、四环素、头孢菌素等生产可采用二级发酵。②将一级种子接入更大体积的种子罐内，再转入发酵罐进行抗生素的生物合成，这样制备的种子称为二级种子，整个发酵过程称为三级发酵。例如红霉素、卡那霉素、庆大霉素、巴龙霉素等生产可利用三级发酵。③同理，也有采用四级发酵的，比例链霉素的生产。
种子罐级数主要取决于菌种的性质（如菌种传代后的稳定性）、子瓶中的孢子量、孢子发芽及菌丝繁殖速度、接种量等等。而培养基的组成配比合适与否将对菌种的生长发育、发酵单位产生很大的影响。一般种子罐培养基的营养成分要比发酵罐丰富，需要满足较易利用，氮源丰富，磷量要比发酵配方高，糖略低等特点。安琪培养基酵母粉系列产品营养丰富、利于吸收，总蛋白含量大于50%、磷含量高，可充分保障菌种萌发扩陪阶段对氮、磷等元素的需求，可助力缩短扩陪时间、促进菌丝发育强壮。
