灵芝深层发酵的生产工艺与抗菌素的生产工艺流程基本相同。灵芝的深层发酵工艺流程
斜面培养→摇瓶种子→种子罐→繁殖罐→发酵罐。
（一）斜面培养
（二）摇瓶种子培养
1.培养基 （玉米粉1 蔗糖2 蛋白胨0.2 酵母粉0.3～0.5 磷酸二氢钾0.1 硫酸镁0.06 PH自然）
2.培养方法 将长好的以及种子瓶种子倾入扩大瓶培养液中，培养2～3天，接种量以5%～10%为宜。
3.培养设备 摇瓶机有往复式和旋转式两种。
4.移种标准 由扩大瓶培养的种子进入种子罐之前，摇瓶的菌种应严格检验，菌种的好坏是发酵成败的关键。
（三）种子罐培养
种子罐培养一般分一级种子罐、二级种子罐、三级种子罐。接种量：一级种子罐1%5%；二级种子罐15%～20%；三级种子罐20%～30%。
从种子罐转入发酵罐，其种子液由稀变稠，菌丝体或菌丝球由少变多，镜检见到菌丝体粗壮，细胞内充满原生质，分布均匀，菌丝体处在生长旺盛阶段。
（四）发酵罐培养
（1）菌体形态：灵芝菌丝上无明显“芽头和锁状联合”，菌丝变细，菌丝原生质凝集，少数菌丝有自溶现象。
（2）含量：灵芝菌丝重量15%～20%（湿重），粘度下降，活性成分含量达到要求。
（3）发酵周期：灵芝菌丝深层培养时间控制在96小时左右。
（五）发酵终点的判断
发酵末期，灵芝菌体生长缓慢，菌体细胞衰老进入自溶，菌体分泌能力也下降或停止，发酵产生的生产能力也随之下降或停止。如果继续延长培养时间，既浪费人力和物力，又消耗动力，造成产物成本的增加，也影响到产品质量。
确定放罐的指标有：菌体形态，菌丝含量，产物的产量，碳、氮消耗，PH值变化，过滤速度和发酵液粘度等。
（六）深层培养过程中代谢变化曲线
灵芝深层培养过程代谢变化的曲线，可反映出不同生长阶段代谢变化的情况，并采取适宜的措施，以提高产量和质量，并依次变化规律作为判断发酵终止的依据。
以灵芝菌丝量为目的产物时，发酵终点应控制在72～84小时放罐较为适宜。当以灵芝三萜酸为发酵目的产物时，当菌体生长达到平衡后，灵芝酸才大量形成，其最高峰在80小时左右，而后，灵芝酸浓度下降。所以，必须掌握好发酵终点。
灵芝菌丝在发酵罐中完成灵芝菌丝液后，要进行放罐，处理方法有两种：一是以有效成分为指标，按有效成分中的多糖或三萜类等物质的提取方法进行处理；二是以全液浓缩、烘干制成干物质供药用或将发酵液浓缩、经喷雾制成灵芝发酵精粉。主要用来作为康复产品、医药产品原料。尤其适合癌症患者服用。
