芽孢杆菌作用于有机质积累多的池塘口迅速转化有机物为无机养分，这时水体无机养分迅速升高，透明度会有所变高，此时如果水体藻类基础良好，天气也正常，那么水会迅速变肥，其实先不要定论是否变肥，只能说藻类大量生长，水质变浓，如果是有益鱼类增值的藻类可以说是变肥，反之，则只能说变浓了。净水的时候，当池塘富营养化条件理想的时候，大量的芽孢杆菌繁殖和代谢有机物和耗费氧气。
枯草芽孢杆菌在改善水质方面的应用
长时间养殖会使养殖水体底部积累大量的残余饵料、排泄废物、动植物残体以及有害气体(氨、硫化氢等)，这些物质往往导致水质败坏，使水产动物受到毒害。研究发现，养殖水体中的某些有益微生物的代谢具有氧化、氢化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能将上述有机物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等。这样既能在不中断养殖过程中及时有效地清除有害物质、净化水质，又能为单细胞藻类的繁殖提供营养物质，促进藻类繁殖。这些藻类的光合作用，又为池内养殖动物的呼吸、有机物的分解提供氧气，从而形成一个良性的生态循环，有利于水产养殖动物的生长。同时由于这些有益微生物的大量繁殖，在池内形成优势种群，可抑制病原微生物的繁殖，减少病害发生。
枯草芽孢杆菌能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸、氨基酸及氨，改善水质，为单胞藻提供营养，净化水质。
枯草芽孢杆菌的使用方法
枯草芽孢杆菌净化水质，最好在上午9～11点左右有太阳时开始使用，使用后开增氧机或撒增氧片，水温在25度以上为宜，水温太低的话，效果不怎么好。建议不低于15度水温使用。
注意：
枯草芽孢杆菌是耗氧菌，使用时需要增氧，开增氧机或洒增氧剂都可以，淡水养殖如果没有增氧设备，添加量要求减少。使用前最好活化一下，具体是：枯草芽孢杆菌：红糖：水按1：0.5：20左右的比例浸泡2小时以上后使用，浸泡过程如能打氧效果更佳。塘底淤泥较多的塘可以加量使用。再次强调，使用时一定要增氧，否则可能会出现水产动物因为缺氧死掉，一般7～10左右可以使用一次。高密度养殖的可以加量使用。
