蛋白酶K还可以直接用于食品的保鲜中，蛋白酶K可通水解腐败菌胞外黏附素中的蛋白质，降低黏附素含量，抑制腐败菌对宿主的黏附，延缓腐败菌在食品表面形成生物膜。以壳聚糖为蛋白酶K的载体，可用于水产品，如生鱼片的保鲜。
蛋白酶K可以起到良好的保险性和一定程度的抑菌性，能够有效增强水产品的保鲜效果，延长其储藏期。同时，蛋白酶K本身具有蛋白水解特性，因此还能够很好的保持鱼肉的鲜度、风味和质感。
蛋白酶K安全性高，用于化妆品、保健品、食品保鲜外，还可用于食品的加工中，比如在一种花生冻奶蛋糕及其制备方法中，蛋白酶K就用于制备该蛋糕的功效成分：金樱子多糖，使制得的奶冻蛋糕具有显著的抗菌抗病毒的作用。
