随着人们生活水平的不断提高，食品安全问题越来越受到人们的重视，微生物对食品的污染问题也相应地备受关注。一旦污染，微生物将大量繁殖而引起食品腐败变质，或导致食源性感染和食物中毒。特别是近年来随着环境污染的加剧和生态平衡的不断破坏，可导致人类感染的致病菌的种类越来越多，病原微生物对人类的威胁越来越大。
啤酒一直是被公认的营养丰富的饮料，因为其中含一定浓度的酒精、高浓度的CO2、低含量的营养物质和有抗菌作用的酒花及其分解产物等，而且pH 值较低，抑制了许多微生物的生长，甚至存活，但还是有一些种类细菌会对啤酒的生产和啤酒的安全构成威胁。啤酒的成分复杂，营养丰富，除含有水、酒精外，还含有碳水化合物、氨基酸、矿物质、维生素等多种不同的化合物，很容易受到杂菌污染而影响啤酒的质量。
常见的主要污染菌包括：革兰式阳性的乳杆菌属、片球菌属和革兰式阴性的巨球菌属、发酵单胞菌属、嗜发酵菌属等。同时，啤酒中溶氧量的下降使绝对厌氧菌，如巨球菌属对非巴氏消毒的纯生啤酒的污染不断增加。这些腐败菌会引起啤酒混浊、风味异变或酸败等问题。如短乳杆菌能利用淀粉和糊精，加速发酵液的稀化，影响啤酒的成熟。干酪乳杆菌会产生过高的双乙酰，严重影响啤酒风味；片球菌属也会产生大量的双乙酰，同时出现酸败现象。而巨球菌属和片球菌属的生长会产生过多的乙酸、丁酸、乳酸等多种脂肪酸以及H2S和甲醇硫等一些严重影响风味的物质，对这些腐败菌的检测一直以来是啤酒工业的一大难题。
由于污染菌种类多样，且一般属于厌氧菌，在培养基中生长缓慢；污染水平低，检测的样品处理困难。因此，在啤酒生产尤其在生啤的酿造中必须严格无菌操作，在生产的各个环节都要防止菌的污染。
