酶制剂有对基质作用专一、反应温和、副产物少等优点，用于酿造啤酒、葡萄酒等，能提高出酒率、生产效率，产品风味与质量也明显提高。
酶制剂在啤酒酿造中的应用
啤酒是最早用酶的酿造产品之一，在啤酒酿造中，添加β-淀粉酶，有助于提高辅料用量，添加蛋白酶能使辅料的高分子蛋白质分解成肽和氨基酸，这些含氮分解产物对于酵母的营养、啤酒泡沫的形成和持久性、啤酒的香气和风味及啤酒的非生物稳定性有很重要的作用。蛋白酶还可用于处理啤酒的冷冻混浊。
异淀粉酶能分解支链淀粉使成为直链淀粉，在啤酒辅料糖化过程中可大大提高麦汁麦芽糖含量，使二氧化碳充足，啤酒爽口性好。BF7658细菌α--淀粉酶和细菌蛋白酶可降低发酵醪液黏度，提高辅料用量，增加麦汁中可溶性含氮物。将酶制剂用于啤酒，不仅能促进淀粉原料的液化和糖化速度，还能节省用粮和降低啤酒成本。
一般酿造啤酒条件下，麦芽自身的酶不能将原料中所有淀粉分解为可发酵性糖，约1/3的淀粉变为非发酵性糊精，残留在啤酒中，成为啤酒热能源。在发酵醪液中添加葡萄糖淀粉酶，能将糊精分解为葡萄糖，再由酵母发酵成乙醇及二氧化碳。因此，调整麦汁到低精汁，可保持酒精度，减少总碳水化合物含量，得到低热量啤酒。
啤酒酿造发酵初期，酵母在发酵过程中生成α-乙酰乳酸，渐渐转换成双乙酰，双乙酰再转换成无味无臭的乙偶姻。在啤酒长期熟成中，α-乙酰乳酸能完全转变成乙偶姻。如在啤酒发酵初期添加α-乙酰乳酸脱羧酶能迅速将α-乙酰乳酸转换为乙偶姻，缩短啤酒成熟期。
啤酒发酵中生成的尿素与乙醇反应在酒中会形成致癌物质氨基甲酸酯，如在乙醇存在下加入耐酒精的酸性尿酶可使酒内尿素含量降为零，从而阻止致癌物氨基甲酸酯的生成。
啤酒混浊由多酚聚合物引起，氧是啤酒混浊母体形成与结合的促成因素。啤酒生产中多酚氧化生成挥发性羧基化合物使啤酒风味老化，氧化作用可加深啤酒色泽或使之变为暗红色。在普通啤酒中加入葡萄糖氧化酶可除去啤酒中溶解氧和瓶颈氧，防止啤酒的氧化变质，对啤酒起抗氧化、保鲜、防褐变作用，同时改善啤酒口味，提高啤酒澄清度与风味稳定性，延长保存期。
啤酒中加入木瓜蛋白酶能水解啤酒内的蛋白质，提高啤酒澄清度，还能使啤酒中产生更多的多肽及氨基酸，增加啤酒泡沫，改善啤酒口感及质地。
酶制剂在葡萄酒酿造中的应用
将Botrytis cinerea霉菌附在葡萄上繁殖，这种霉菌不会分解葡萄中的糖分而能溶解果皮的蜡质，有助于葡萄汁中水分蒸发，提高葡萄的糖度，酿制高品质葡萄酒，但葡萄酒过滤性差。用β-葡聚糖酶可分解聚葡萄糖（妨碍过滤物质），提高葡萄酒过滤性。
葡萄酒中芳香化合物萜烯与糖一旦结合，则感受不到葡萄酒芳香。而萜烯从糖中游离出则能挥发感受香气。用β-葡萄糖苷酶作用于各种萜烯葡萄糖苷，能使萜烯游离，强化葡萄酒香气 。
酶制剂在黄酒生产中的应用
以糯米为原料生产黄酒过程中，可使用多种酶制剂，协同作用，如淀粉酶、糖化酶、脱脂酶、蛋白酶，可使酒体协调，风味突出，且游离氨基酸含量较传统工艺高，酒液清彻透明。
