在现代大型啤酒工厂中，微生物污染来源是那些和物料接触的管道阀门及容器罐体设备中污垢里滋生的微生物群。这些污垢根据其产生的不同部位，通常分为以下几类：
一、糖化设备的污垢
主要以淀粉为主，麦芽和辅料中的粉尘；同时还有糖焦化、蛋白质变性凝固形成的垢层；酒花树脂氧化聚合形成的垢层；特别是煮沸锅的内加热器表面由于局部过热炭化形成的较坚硬的垢层。
二、发酵罐、清酒罐的污垢
主要是酵母菌体和啤酒中蛋白质絮凝物，由于表面温度低，污物结合紧密，比较容易在容器厂部粘着，同时在其上部还附着由酒花树脂氧化聚合形成的多酚；而一些无机污物（草酸盐、酒石酸盐、碳酸盐等）易附着在容器的底部，结构同样特别紧密。
酵母、细菌及霉菌容易在这些污垢中繁殖，有的形成菌膜，有的形成菌核，使污垢更具有强的粘着力。有关专家曾在大罐顶部取污垢样进行分析，污垢中微生物总量达 105～ 107个／克，可以断定它们是污染微生物的大本营，换句话说有污垢必定就有高数量的微生物，因此设备及各种容器管道的清洗与消毒是保证啤酒质量的一项重要措施。在现代微生物管理过程中，清洗和消毒灭菌是密不可分的，清洗效果的好坏，直接影响着后续消毒杀菌的效果。清洗的目的就是清除污垢，即拆除微生物的藏身之所，使之充分暴露增强杀菌效果等，当然仅靠清洗要达到彻底去除微生物是不可能的，必须与消毒杀菌配合起来。
如何在生产的不同阶段选择合适的方式和方法进行清洗和消毒非常重要，应根据生产的不同阶段污物和微生物的具体情况选用不同的清洗和消毒灭菌剂。比如发酵大罐的清洗，传统的清洗工艺中采用 2—3％的热碱水（80℃以上），虽能达到一定效果，尤其对有机物清洗效果较好，但难以去除无机污物，易造成无机污物堆积。因此国内较多厂家均放弃了传统的热碱清洗工艺，而采用酸性、碱性清洗剂交替使用的冷洗工艺。对于杀菌剂，传统工艺多用甲醛且沿用很长时间，随着化工技术不断发展，高型高效低毒高稳定性的产品不断涌现，在杀菌效果、毒性、残留、成本等方面均超过了甲醛，尤其是以过氧化物为主（如改性双氧水过氧乙酸等）的消毒剂系列。值得一提的是即使采用了新型杀菌剂，仍要定期更换品种以消除微生物的抗性。
现在所有啤酒厂都配备清洗CIP，在清洗过程中，清洗剂的流动状态必须达到 Re ＞ 2000，实现高度湍流，如在薄板和麦汁管道的清洗过程中，清洗剂的输送速度应是麦汁输送速度的l．5—2.0倍，其泵出流速必须大于2m／s，才可保证污垢被清洗下来。CIP罐体的大小及进出管线的配制，喷头的位置、方向、泵的选择都会直接影响CIP清洗效果。为了减少清洗剂的消耗，防止大罐喷淋球被堵塞，通常可在清洗罐CIP管道的回路上接一个过滤设备。
针对本文前面提及的糖化设备污垢，是多糖氧化物，用强碱性高温清洗为主；发酵罐及管道，除了合理选择酸碱清洗剂交替使用外，清洗，杀菌剂的浓度要保证。最后一道酸性消毒剂杀菌时，如果大罐碱性清洗液没有冲洗于净，会严重影响杀菌效果，甚至会导致杀菌后的空罐超过24小时，必须重新杀菌才能使用。发酵罐每年至少在淡季要进行一次大刷洗（碱洗3个小时以上，酸洗3个小时以上，最后按正常杀菌程序杀菌）。
对于清酒罐由于其使用频率较高相对比较干净，有机物较少，而对成品酒影响比较直接，通常采用酸性洗涤剂冷刷洗，低残留分解的消毒剂杀菌后直接进酒，以防止二次污染。
包装车间的洗瓶机也要定期消毒，一般采用3～5％的消毒剂加人一号碱槽，其余全空，灭菌时间通常在3小时左右。
装酒机每次使用后要采用具有清洗消毒双重效果的介质高压喷射清洗杀菌，再用水冲洗干净使用。
杀菌机因其低温区环境适宜，微生物繁殖较快，应加强清洗杀菌（可通过流加泵在水里加人5～10ppm的消毒液），在高温区当水的硬度较高，瓶体粗糙时易结水垢，可在高温区加人少量除垢剂解决。
链条的清洗通常以低泡产品为佳，最好用含清洗杀菌成份的介质，尽量避免使用皂液或含皂液成分的产品，把清洗剂加人链条润滑剂斗里，让其空转，定期杀菌。
总之啤酒工厂的清洗和杀菌是啤酒生产不可分割的重要组成部分，质量第一，卫生第一，已成为各啤酒厂严格遵循的质量方针，只有踏踏实实地做好此项工作，建立严格的检查和考核制度，才能酿造出更加纯净啤酒。
