食用菌菌丝繁殖快，易变异，菌种保藏难度较大。现介绍几种效果很好且简单易行的菌种保藏法。
1．液体石蜡保藏法：选用化学液体石蜡，高压灭菌后放入40摄氏度恒温箱中数小时或干燥器中数日，用无菌吸管或注射器吸取液体石蜡，注入菌种试管。注入量应高出斜面尖端1厘米左右，塞上棉塞，用蜡封好，直立保藏在低温处，可保藏5年。
2．麸皮保藏法：称取一定量的麸皮加水或营养液后拌匀即可使用。水、麸皮装入试管，高压灭菌后接入菌种，放在适温下培养。菌丝体发育好后，将试管放入干燥室温下进行干燥。干燥后放在20摄氏度以下干燥处保藏，可保藏3—5年时间。
3．生理盐水保藏法：将菌种接入马铃薯培养液中，每250毫升三角瓶装60毫升培养液，振荡培养或每天摇动5—10次，培养5—7天，然后将形成的菌丝球移入装有5毫升无菌生理盐水的试管中，每管约移入4—5个菌丝球，塞上棉塞，用蜡封好管口，置低温下，可保藏1年。
4．麦粒保藏法：取优质小麦，淘洗后浸入20摄氏度水中泡5小时，稍加晾干，装管。装入量以管长的1／4到1／3为宜，灭菌，趁热摇散，冷却后接入菌丝体，适温培养至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时终止培养。置于25摄氏度以下干燥处，可保藏1—2年
