使食用菌致病的一类生物称为病原物，病原物主要有真菌、放线菌、细菌、病毒、线虫等。食用菌杂菌是指与食用菌争夺营养，污染菌种、培养料、段木等有害的微生物。它们主要类群有：
1、真菌：真菌有腐生、共生和寄生的。共同特点是营养体为丝状的菌丝，菌丝管状，纤细，具有分枝，无色或有色，无隔膜或有隔膜的丝状物。菌丝体生长至一定阶段后即产生繁殖体，典型的繁殖方式是产生各种类型的孢子。食用菌也是一种可食用的真菌，属于大型真菌。它与病原真菌的区别是：食用菌在正常的生活史中，一般只产生有性孢子而较少产生无性孢子。病原真菌大都产生无性孢子。其次，所有真菌都是不含叶绿素，为不能进行光合作用的异养生物，几乎所有食用菌都属于腐生菌。而病原真菌则或强或弱地具有寄生性，可营一定的寄生生活。第三，从分类地位上看，目前进行人工栽培的食用菌都属于担子亚门的高等担子菌，而病原真菌则基本上属于半知菌亚门。从生物特性看，病原真菌喜高温、高湿、通风不良及偏酸性的环境，病原孢子的传播主要靠气流和喷水。
2、放线菌：放线菌是单细胞的菌丝体，靠孢子繁殖，主要存在于土壤和厩肥中，侵入菌种时常常造成菌种污染。常见的有白色链霉菌、湿链霉菌和粉末链霉菌、诺卡氏菌等。
在琼脂培养基上，放线菌菌落形态与细菌菌落有明显的差异，其菌落大小介于霉菌与细菌之间，菌落表面多为紧密的绒状、坚实多皱，长孢子后呈粉末状。放线菌的细胞细长，中间不间隔，称为菌丝；放线菌菌丝宽度与细菌宽度相似。它的菌丝有两种，一种在培养基内部，称为基内菌丝，它起着吸收营养的作用，另一种在培养基表面，向空气中伸出，称为气生菌丝。
3、细菌：是一种单细胞的微生物。细菌与真菌不同，它没有丝状的菌丝，其营养体与繁殖体都是单细胞，其繁殖方式为分裂或叫裂殖。病原细菌要求高温高湿，特别是菌盖表面较长时间都保持在水湿状态条件下有利于细菌的繁殖和易引起病害。适宜中性至偏碱性环境中，浇水是病原细菌最主要的传染途径。食用菌的病残体及栽培过食用菌的培养料是病原细菌的主要侵染源。
4、病毒：是一类比细菌还要小得多的病原生物，它不像细菌那样具有细胞壁和细胞核，而是一种以核酸为中心、外壳为蛋白质非细胞结构的简单生物，只能寄生在其它生物的活细胞内。引起食用菌发生病毒病的病毒，绝大多数都是球状结构的。其繁殖方式为复制。
5、线虫：又称蠕虫，是低等动物。菇类受线虫危害所表现的症状与一般病害相似，常称线虫病。线虫无色，体形极小，体长仅1mm左右。在菇体内繁殖很快，幼虫经过2-3天即可发育成熟，并再生幼虫，10多天即繁殖一代。噬食菌丝，侵害菇体后，菇体软水渍状，菌盖变黄，形成柄长盖小的畸形菇。危害食用菌的线虫主要来源于培养料及覆土。
菌种生产中常见的杂菌：
（一）绿霉菌：
1、症状：初期在培养基或培养料上长出白色纤细的菌丝，几天后便可形成分生孢子，一旦分生孢子大量形成或成熟后，菌落变为绿色、粉状。
2、病原：常见的绿霉菌有绿色木霉菌、康氏木霉菌、木素木霉菌等。菌丝纤细，分隔多而明显，无色。在显微镜下看到分生孢子为圆形、无色、单细胞。
3、发生：该菌在食用菌菌种及栽培中普遍发生,危害严重。由于此菌大量形成分生孢子后，菌落颜色呈绿色，栽培者叫它为绿霉菌。实际上它的确切名称应叫木霉菌。绿色木霉菌对菌种生产过程不分品种、也不分栽培方式，只要接种后的培养料一旦污染绿霉菌，食用菌的菌丝就不易生长。绿霉菌平时生活在土壤中或有机物质上，产生分生孢子随气流飘浮，降到有机物质表面后，在适宜的温湿度条件下，很快可萌发生长。
4、防治：
菌种分离及生产时，培养基的高压灭菌必须达到灭菌要求，所用的棉塞不能受潮积水，操作人员必须严格遵守无菌操作规程，培养室必须清洁、干燥、通风良好。
培养料中的麸皮及米糠比例不要超过10%。
药剂拌料，用干料量0.2%的25%或50%的多菌灵或1%的甲基托布津拌料，可有效防止绿霉菌的发生。
当菌筒、菌块或菌种袋局部发生绿霉菌污染时，可用2%甲醛溶液注射或涂抹；1：200的50%多菌灵或75%的甲基托布津药液注射或涂抹。
（二）毛霉菌：
1、症状：初期生出灰白色粗壮稀疏的菌丝。其生长速度明显快于食用菌菌丝生长速度。后期，气生菌丝顶端形成许多圆形小颗粒体，初为黄白色后变为黑色。
2、病原：属接合菌亚门。
3、发生：平常生活在各种有机质上，形成的孢子成熟后在空中飘浮，沉降到有机质表面后，只要温湿度适宜，很快就可萌发出菌丝，在高温高湿条件下，生长迅速。培养料灭菌不彻底，接种室或接种箱灭菌不彻底，或工作人员没有按操作规程工作，或棉塞受潮，或接种后培养室湿度过高等，均可造成毛霉菌污染。
4、防治：按绿霉菌防治措施的第一条外，另一条有效措施是用干料重量的0.2%、25%或50%的多菌灵或干粒重量0.1%的甲基托布津拌料，可收到一定的效果。
（三）根霉菌：
1、症状：受根霉菌污染后的培养基，无明显的菌丝生长，只见平贴基物表面根霉匍匐生长，后期在基物表面0.1-0.2cm高处形成许多圆球形小颗粒体。初形成时为灰白色或黄白色。成熟后转变成黑色。因此，其明显特征是黑色颗粒状霉层。
2、病原：属接合菌亚门、接合菌纲、毛霉目、毛霉科。
3、发生：根霉菌在菌种和栽培过程中，发生普遍和危害严重。平常生活在各种有机质上，适应性强。孢囊孢子从孢子囊散发出来后在空气中飘浮，沉降到有机质表面后，在一定温湿度条件下即可萌发生长，由于其没有气生菌丝。因此，污染培养料后其扩散速度和范围不象绿霉和毛霉那么大和快。
4、防治：与毛霉菌的预防方法相同。
（四）曲霉菌：
1、症状：污染菌种及培养料的有黑曲霉和黄曲霉。但以黑曲霉发生较多。黑曲霉菌污染培养料或培养基后，可长出绒状菌丝体。但扩展性差，很快从菌丝上长出分生孢子梗，形成黑粉状的分生孢子头，使菌落呈黑色粉状。
2、病原：属半知菌亚门，丝孢纲、丛梗孢目。
3、发生：黑曲霉在自然界分布很广，几乎一切有机质上均能生长。其产生的分生孢子飘浮在空中，沉降到有机质上，即可萌发生长，菌种在灭菌不彻底，接种过程不是在无黑曲霉条件下进行都易引起黑曲霉污染，栽培过程中，培养料含水量偏高，空气湿度过大，以及通风不良等有利于黑曲霉菌生长而污染培养料。
4、防治：与毛霉菌的预防方法相同。
（五）链孢霉
1、症状：培养基受到链孢霉污染后，其菌丝很快长满整个容器，并长出淡红色的分生孢子。呈粉状，培养瓶或培养袋受污染时，菌丝灰白色黄白色、纤细、向下生长迅速。有时长到棉塞上，很快在棉塞上形成大量淡红色的分生孢子，厚度可达1cm，所以叫它红粉菌。
2、病原：属半知菌亚门无性世代。
3、发生：平时生长在各种有机质上，为潮湿的蔗渣、玉米蕊、棉籽壳等，均极易发生。当分生孢子降到有机质表面后很快就可萌发生长，培养基、接种室或接种箱消毒不彻底，棉花受潮后未更换，菌种袋有伤损裂口或种子带有杂菌都可造成成链孢霉菌对培养料的污染。
4、防治：搞好菌种生产环境，废弃的培养料及菌种瓶、菌种袋及时处理或深埋。
培养料灭菌要彻底并避免棉塞受潮吸湿，搬运过程中不要损伤菌种袋。
接种室或接种箱每使用一次后彻底消毒灭菌，保持空气中没有杂菌孢子。
工作人员严格按无菌操作规程操作。
及时更换棉塞。
菌种培养室内放置石灰块吸潮。
定期检查，发现污染要及时取出集中处理。
（六）聚端孢霉：
1、症状：也叫红粉菌。与链孢霉相比，形成的粉红数量少，不成堆或成团。分生孢子聚在分生孢聚端孢霉子梗顶端，颜色较淡。从生长速度看，而链孢霉生长速度快，生长速度较慢。凡受聚端孢霉污染的培养料食用菌菌丝不能生长。
2、病原：属半知菌亚门。
3、发生：发生较普遍，但造成危害不及链孢霉菌。培养基高压灭菌不彻底，没有按无菌操作规程操作，栽培过程中受杂菌污染与菌种发病能力强弱及菇房的高温高湿有关。
4、防治：与链孢霉的防治方法一致。
（七）青霉菌
1、症状：初期出现白色或黄白色绒状菌丝，1-2天后菌落便渐渐变为绿色或蓝色的粉状霉层，局限性生长。凡有青霉菌污染的地方，食用菌菌丝生长受抑制或不能生长。
2、病原：属半知菌亚门、丝孢纲、丛梗孢目、淡色菌科。
3、发生：培养基及培养料受污染的条件与聚端孢霉菌相同，菇房高温高湿有利于青霉菌的生长。
4、防治：与毛霉菌的防治方法一致。
（八）黑霉：
1、症状：又名为链格孢霉菌。由于在基物生长时菌落呈黑色或黑绿色的绒状，故称为黑霉菌。与黑曲霉不同的地方是菌落呈绒状或带粉状，而黑曲霉的菌落呈颗粒状、粗糙、受污染后培养料变黑色腐烂，食用菌菌丝不能生长。
2、病原：属半知菌亚门、丝孢纲、丛梗孢目、黑色菌科。
3、发生：灭菌不彻底，操作不是在无菌条件下进行及菇床培养料含水量偏高和湿度大的条件下，有利于黑霉菌的生长。
4、防治：与毛霉菌的防治方法一致。
(九)酵母菌:
1、症状：受酵母菌污染并大量繁殖后，引起菇床培养料发酵变质，散发出酒酸气味，一般多从床料中间开始发生。
2、病原：属子囊菌亚门半子囊菌纲，酵母目，酵母科。
3、发生：酵母菌也是一种分布广泛的真菌，种类很多，空气中也漂浮有酵母菌的孢子。此外，水中也有酵母菌的存在，一旦进入菇床，在培养料含水量过高，气温较高和通气条件差的情况下，有利发生。
4、防治：培养基消毒灭菌保证质量，接种时按无菌操作规程进行，防治污染。
保证接种用的种子质量。
栽培时用干料重量的0.2%25%或50%的多菌灵或0.1%70%的甲基托布津拌料。
控制培养料适宜的含水量，防止含水量的培养料温度过高。
管理用水要求清洁干净。
一旦发现培养料酸度过高，并散发出酒酸味时，可用PH13-14石灰水浇灌培养料，控制酵母菌繁殖。
（十）放线菌：
引起菌咱污染变质常见的放线菌有：白色链霉菌，湿链霉菌、链霉菌、诺卡氏菌。放线菌污染不是大批污染，而是个别菌种瓶出现不正常特征。常在瓶壁出现白色粉状斑点。或是出现白色纤细的菌丝，易与接种的菌丝相混淆。其区别是，发生放线菌污染时，有些种的白色菌丝大量吐水，有些种的白色菌丝形成干燥发亮的膜状组织，有些种会交织产生子实体那样的结构，多数种会产生土腥味。
放线菌菌落表面多为紧密的绒状，坚实多皱，长孢子后就呈粉状。它的菌丝有两种，一种在培养基内部，称为基内菌丝，它起着吸收营养的作用，另一种在培养基表面，向空气中伸出，称为气生菌丝。
防治：选用优质菌种，注意环境卫生，严格无菌操作可防止放线菌污染。
（十一）细菌：
马铃薯斜面培养基受细菌污染后，表面呈现潮湿状，有的有明显的菌落，有的还具有各种颜色，但也有些细菌菌落表面干燥并有折皱，它的个体形态有杆状、球状或弧状。有些杆菌在细胞内能形成圆形或椭圆形的无性休眠体结构，称为芽孢。芽孢的壁很厚，含水量少，化学物质不易渗透，对高温、光线、干燥和化学药品有较强的抵抗力。因此，进行灭菌时，湿热灭菌温度要提高到120℃以上，干热灭菌温度要140-160℃方能达到灭菌要求。
制种过程中，污染菌种的细菌种类很多，最常见有枯草杆菌变种和蜡状芽孢粘液变种；其次是荧光单胞杆菌、欧氏杆菌、黄色单胞杆菌。
细菌广泛存在于自然界中，因此制种过程中很容易发生细菌污染。制种人员无菌操作不严格，或灭菌时冷空气没有排干净压力不足，或间歇灭菌时，保持间隔时间不够，是造成细菌污染的主要原因。
防治细菌污染必须做到：
保证培养基、培养皿灭菌彻底，并将灭过菌的培养基放在30℃左右的温箱中保存两天后，经检查确无细菌污染时才可使用，其次是操作过程必须严格按无菌操作进行。
保证接种用的原种或母种未受细菌污染。
所用培养基PH值应调成偏酸性，以抑制细菌的生长。
原辅材料应新鲜无霉变，拌料时用清洁干净的井水或河水。
控制培养料含水量和培养温度不能过高。
菌种分离或菌种扩大培养时，可在已灭菌的培养基上加进少量的链霉素或其他抗生素，防止细菌生长。
