动物体的微生物细胞数量巨大，是动物体细胞数量的 10 倍，已经被看作动物的第 10 大系统。肠道中的菌群占动物体微生物细胞的大部分，在肠道内生长代谢所产生的营养是维持动物的生命和生长必不可少的元素，它来源于饲料，是经过肠道菌群加工所产生的，又与饲料成分有本质的区别，我们给它命名为动物的微生态营养。
动物的微生态营养是肠道菌群与其宿主动物联系的纽带。也正是微生态营养的存在，才使得肠道菌群对于动物具有营养、免疫、促生长等多种功能。现在已经研究明白得微生态营养主要有以下几种：
1 、维生素类：包括多种 B 族维生素、 VK 等。所产生的这些维生素，其中有很多是饲料中没有添加或没有研究明白成分的未知促生长因子。
2 、多糖与寡糖类：包括经肠道微生物加工，由饲料中的非淀粉多糖所产生的寡糖类。还包括一些肠道菌群的细胞壁多糖。例如已经证明的双歧杆菌细胞壁中的多糖与磷酸等。
3 、氨基酸与小肽、多肽：现在已经证明其中的一些成分对于免疫、促生长等具有很重要的作用。
4 、细菌素：是肠道内的细菌所产生的，主要抑制同类型微生物，但有的细菌所产生的，主要抑制同类型微生物，但有的细菌素类型对多种微生物具有抑制作用。细菌素大多数为肽类容易被机体所吸收，转化为机体成分或被一些酶类所分解，不会对环境造成污染。细菌素的产生是肠道细菌的本能，因此合理利用细菌素符合肠道的菌群代谢规律，符合因势利导的原则，不会像使用抗生素一样造成严重的后果。
5 、溶菌酶：大多数细菌在生长高峰过后都会产生溶菌酶的使用，也是安全的，符合无公害原则。
微生态营养是多种微生物所产生，符合生物多样性的原则，它的量决定于到达肠道后段营养的总量，受饲料成分吸收情况的调控。饲料吸收情况良好，则到达肠道后段的营养减少，肠道微生物数量减少，所产生微生态营养减少。反之，所产生的微生态营养增多。这种现象是根据宏观生态原理推导出来的，生物量的多少决定于环境种食物来源的多少。
产酶益生素和酶制剂的使用对于动物的微生态营养具有一定的调控作用。应有适当，饲料营养在动物和肠道菌群之间进行合理分配，是肠道菌群维持在一定的数量，所产生的微生态营养也维持在一定的水平，既能使饲料有一个合理的转化率，又有利于动物的健康。如果用量太大，将会使饲料营养在肠道内过度吸收，到达动物肠道后段的成分几乎全部是难以消化分解的物质，就会影响肠道菌群的生长代谢，产生的微生态营养不能满足动物的需求。实际上我们认为造成了动物的菌群失调。我们作过的实验表明：当产酶益生素芽孢的数量达到 500 万个 /g ，酶制剂的用量到达 1 ％实，肉鸡实验组的增重速度也非常快。这实际上给市场上某些厂家所宣传的益生素活菌数量越多越好、竞相提高产品活菌数量标明量的有利回击。从微生态营养的观点，每一个厂家的益生素产品必须控制在自己菌种的最佳用量范围以内。
从微生态营养的观点来说，肠道菌群是可以改造的。我们可以通过调控肠道微生物的种类使得微生态营养向有利于动物生产性能发挥的方向转变。入合理提高肠道中 “ 维生素产生菌 “ 、 ” 小肽产生菌 “ 、 ” 细菌素产生菌 “ 、蛋白酶产生菌 ” 等的比例，降低 “ 氨气产生菌 ” 、 “ 胺产生菌 ” 、 “ 吲哚产生菌 ” ，从而提高肠道菌群微生态营养的营养价值。通过我们在饲料中添加不同的微生态活菌制剂，改善肠道的菌群组成，使之建立更高水平的生物量。
在微生态学里，没有有害菌于有益菌的绝对界限，有害于有利是相对的，只存在比例的高低，因此所有的肠道菌群都是我们的研究对象。如大肠杆菌，人们习惯意义上称它为 “ 有害菌 ” ，因为它可造成多种疾病，并分解蛋白质产生臭气，氨气，是粪便臭味的主要来源。但它在肠道中能产生维生素类，特别是叶酸，还能产生蛋白酶，又具有有利的一方面。乳酸菌是人们公认的 “ 有益菌 ” ，有利于认得保健，可刺激肠道蠕动，促进粪便的排出，促进 “ 排毒 ', 有利于人的身体健康。但它这种功能，特别是把葡萄糖发酵成乳酸造成能量的浪费，降低肠道的 PH 值，可促进肠道的蠕动速度，加速了饲料成分的排出，这对饲料的吸收是不利的。
从唯物论证法的角度以及微生态营养的角度，我们可以得出以下一些结论，拓宽动物微生态生态研究道路：
1 ）微生态学与宏观生态学是统一的，虽然是两个分支，但基本原理是相通的，只是研究方法不一样。
2 ）肠道菌群具有生物多样性，因此我们应该跳出芽孢杆菌、乳酸菌、酵母菌的小圈子。开展更广泛的微生态学研究。
3 ）从人的微生态理论中解放出来，建立完善的动物微生态理论。
4 ）把动物的肠道菌群作为一个系统来进行研究，从宏观上把握动物的微生态系统，并研究这个系统的一些特征。
5 ）把动物的微生态营养看成饲料营养的延伸，把补充微生态营养看成是动物营养的完善。
不难看出，从动物的微生态营养理论，我们可以提出微生态制剂的一些开发思路与设计原则：
1 、开发以菌群代谢产物为基础的微生态制剂。
2 、在现在的芽孢杆菌、乳酸菌制剂里复合肠道菌群的代谢产物。当然，代谢产物是用典型的肠道菌群发酵制作的。
3 、开发酶制剂与微生态营养的复合制剂，既能促进饲料的消化吸收，又能补充动物的微生态营养。
4 、根据不同目的，设计不同的菌种构成，达到对动物微生态营养的改善。
微生态营养理论的不断改善与发展，必将给益生素产品的开发与动物微生态事业的发展翻开新的篇章。
