目前，国内维生素C的工业化生产普遍采用二步三级混菌发酵。以山梨醇为主要原料，经黑醋菌代谢为山梨糖，再经假单孢菌和氧化葡萄糖酸杆菌代谢为维生素C的前体物质2-酮基-L-古龙酸。在二步发酵的过程中，会因为染菌现象的发生使发酵的收率受到影响，严重的会造成放罐。因此，二步三级发酵过程中的染菌问题一直是各生产厂家关注的大问题。 经过几年来的生产实践，生产中所染杂菌有如下几类：噬菌体、革兰球菌、革兰杆菌和革兰阳性芽孢杆菌。 其中，噬菌体对生产的危害最大。金属（镍棒）过滤器只能过滤一小部分噬菌体，一旦侵染就会造成大面积染菌，控制的办法是全面停产，彻底消毒；其他几类菌只要控制得当的话，不会造成过大的损失。
革兰阳性球菌在生产中侵染的几率很大，它属于适高渗透压杂菌。一般来源于山梨糖，在高糖浓度200～300mg/ml仍可正常繁殖。另外，汽头水中也会有大量的阳性球菌存在（在空消操作时，罐底水未放净或在移种管路消毒结束移种时将汽头水一并移入罐中）。革兰阴性球菌在生产上很少出现，在监测糖管路时发现过。
革兰杆菌中，阳性杆菌和阴性粗杆菌一般存在于原材料中，经正常的消毒操作不会存活，在消毒后培养基中看到的是没有被分解掉的死菌体；阴性的小短杆菌对生产的威胁极大，吃糖降酸的速度很快。在10～40mg/ml的糖浓度下可生长繁殖，一般情况下这种菌来源于空气系统（过滤器倒料引发的这类问题比较多）。
革兰阳性芽孢杆菌相对来讲，对生产的危害最小，它耐受高温。如果原料结块或消毒时温度偏低，极有可能造成此类染菌。
三级发酵罐染菌一定要做到早发现，早采取措施将生产的损失控制在最低。若侵染了革兰阳性球菌或革兰阴性小短杆菌，如在发酵前期，严重的一定要酌情是否放罐，否则动力费用要远远超过古龙酸的产值。一般情况，如果杂菌的生长尚未对生产菌的生长构成大的威胁，就要考虑流糖时控制速度，生产中控制在10～13mg/ml效果比较好；如果是中后期染此种菌，要考虑提高生产菌的活力抑制杂菌的生长［１，２］。如果染了革兰阳性芽孢杆菌，可正常流糖并在中前期适当补种抑制杂菌的生长，并在后期适当补料促进小菌产酸，加快降糖减少损失。 生产中，如果设备存在死角或消毒操作控制有误，几种杂菌均有可能同时出现。通过补种、控制流糖及后期添加补料的工艺能有效控制染菌所产生的副作用。在生产过程中要细化管理、严格各项操作，减少染菌现象的发生。
