经净制或处理后的药物，在一定的温度和湿度条件下，由于霉菌和酶的催化分解作用，使药物发泡、生衣的方法称为发酵法。发酵的目的是：I．改变原有性能，产生新的治疗作用，扩大用药品种 如六神曲、建神曲、淡豆豉等。Ⅱ 增强疗效 如半夏曲。
根据不同品种，采用不同的方法进行加工处理后，再置温度、湿度适宜的环境中进行发酵。常用的方法有药料与面粉混合发酵和直接用药料进行发酵。用前法炮制的如六神曲、建神曲、半夏曲、沉香曲等，后者如淡豆豉、百药煎等。
发酵过程主要是微生物新陈代谢的过程，因此，此过程要保证其生长繁殖的条件。主要条件如下：
Ⅰ 菌种 主要是利用空气中微生物自然发酵，但有时会因菌种不纯，影响发酵的质量。
Ⅱ 培养基 主要为水、含氮物质、含碳物质、无机盐类等。如六神曲中面粉为菌种提供了碳源，赤小豆为菌种提供了氮源。
Ⅲ 温度 一般发酵的最佳温度为30℃－37℃。温度太高则菌种老化、死亡，不能发酵；温度过低，虽能保存菌种，但繁殖太慢，不利于发酵，甚至不能发酵。
Ⅳ 湿度 一般发酵的相对湿度应控制在70％～80%。湿度太大，则药料发黏，且易生虫霉烂．造成药物发暗；过分干燥，则药物易散不能成形。经验以“握之成团，指间可见水迹，放下轻击则碎”为宜。
Ⅴ 其他方面 pH值4～7.6，在有充足的氧或二氧化碳条件下进行。
注意事项：发酵制品以曲块表面霉衣黄白色，内部有斑点为佳，同时应有酵香气味。不应出现黑色、霉味及酸败味。故应注意；
1 原料在发酵前应进行杀菌、杀虫处理，以免杂菌感染，影响发酵质量。
2发酵过程须一次完成，不中断，不停顿。
3 温度和湿度对发酵的速度影响很大．湿度过低或过分干燥，发酵速度慢甚至不能发酵，而温度过高则能杀死霉菌，不能发酵。
