在当前的水产养殖中，微生态制剂的使用逐渐普及。微生态制剂能有效地净化水质，改善养殖生态环境；抑制病原微生物，提高养殖动物机体免疫力；作为饲料添加能促进生长，增进健康。
一、微生态制剂的作用
微生态制剂是由活菌组成，活菌进入养殖水生态系统后经历发展、高峰和衰退的必然阶段。 质量再好的微生态制剂应用到水体中一段时间后，功效消退乃至殆尽。其次，微生态制剂的使用量是有限的，在进入养殖水生态系统后，和本源微生物竞争。构建一个良好的微生态菌群需要一个持续的营造过程。
养殖过程中全程使用微生态制剂，可营造良好的水生态环境。一方面节省了药物投入成本，提高饲料的利用率，节省一部分饲料的投入成本。另一方面水质调控可提高养殖密度，增加亩产值。
微生物改善水生态环境的作用机理：利用水体中鱼虾残饵、排泄物等有机物以及氨氮、亚硝酸盐等无机盐，防止水体富营养化，从而净化水质、改善水产动物生长环境； 同时在有益微生物生长代谢过程中，分泌酶类、维生素、氨基酸、辅酶Q、光合色素、生长促进因子等多种生物营养素，能促进藻类浮游生物的生长，营造健康的生态循环系统；另一方面，微生物生长代谢过程中分泌不同类型的抗生素，抑制有害细菌的生长繁殖，营造良好的有益优势菌群。所以，微生态制剂改善水生态环境需要一个生长过程。
二、复合型微生物制剂的使用
市场上的微生物制剂有单一微生物制剂和复合型微生物制剂。单一菌制剂在水产上应用广泛的是光合细菌类、芽孢杆菌类、硝化反硝化细菌类、酵母菌类、乳酸菌类、醋酸菌类等等。
复合型微生物制剂以EM菌为代表，由光合细菌、酵母菌、乳酸菌等5科10属80余种有益菌种复合培养而成。其他一些复合菌是几个或几类菌的复合，比如生物抗菌肽由纳豆菌和乳酸菌复合而成等。
单一菌种在生产上比较简易，但依据菌的固有功效，只能针对性地解决问题，比如硝化细菌针对降低亚硝酸盐含量等。但实际上微生物制剂在作为水质综合改良剂应用时，具有净化水质、降指标、增强抗病性、提高饲料利用率、维持生物多样性、改善肠道、促进生长等作用，这绝非是单一菌株能够完成的，在选择微生物水质改良调节剂时，一定要选择有质量保证的复合型微生物制剂。
三、微生态制剂的安全性
一般来说，复合微生物菌菌种无病原性、无毒副作用，不与病原微生物产生杂交种。 但大多数微生态制剂并非单纯制品，常含有培养基残留物、无机盐、防腐剂、稀释剂等，杂菌污染、培养基原料等因素都有可能影响到微生态制剂的安全性。 在市场选择微生态制剂时， 不要认为只要是微生物制剂就没有毒副作用，关键在于其品质是否有保证，安全性是否经过科学的实践检验。
四、固态微生态制剂的使用
目前市场上使用较多的是水剂微生物制剂，其生产工艺简单，直接泼洒使用方便。但水剂微生物制剂不易保藏，时效性短。在储存运输过程中，繁殖生长，致使细菌大部分进入衰败期，甚至导致菌体死亡，活菌数和实际效用打折扣。如果保存不严密，或存在生产质量问题，引起杂菌感染，有害菌大量繁殖，使用时不仅起不到应有作用，反而会污染水体。复合型微生物制剂，如果不经过严谨的拮抗性实验，水剂复合储存时，各菌种之间相互竞争，大大影响原有的配伍，会严重影响复合菌的协同水体改良效果。所以，在微生态制剂的形式上，提倡使用固态粉剂或片剂微生物。因为合格的固态微生物制剂，其中的微生物处于休眠期，大大提高了制剂的保藏性，也避免了杂菌感染及各复合菌之间的竞争拮抗作用。合格的粉剂或片剂微生物制剂在使用效果上明显优于水剂微生物制剂。 因为固态微生物处于休眠期，可提前活化后再使用。
五、微生态制剂的其他作用
市场上的微生态制剂大多数是水质改良方面的产品，作为营养补充和饲料添加的微生态制剂产品为养殖户接受的还不多。其实微生物的饲用营养性是不可忽视的。微生物本体就是价值极高的蛋白质源，在生长代谢中，合成多种酶类、维生素、辅酶、氨基酸、糖类、生长促进因子，直接或间接为养殖体利用。一些微生物如乳酸菌、放线菌能分泌乳酸或抗生素，能有效地抑制有害微生物的生长。微生物作为饲料添加，或饲料预发酵，能有效地帮助分解饲料中营养物质，提高养殖体对饲料的吸收利用率，同时有益微生物在养殖体内形成优势能改善其肠道系统，促进养殖体健康快速生长。因此，合格的微生态制剂作为营养补充和饲料添加是非常有效的
